Управление названиями осей в ggpairs (GGally)
Я использую код ниже, чтобы создать следующий график.
# Setup
data(airquality)
# Device start
png(filename = "example.png", units = "cm", width = 20, height = 14, res = 300)
# Define chart
pairs.chrt <- ggpairs(airquality,
lower = list(continuous = "smooth"),
diag = list(continuous = "blank"),
upper = list(continuous = "blank")) +
theme(legend.position = "none",
panel.grid.major = element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
axis.title.x = element_text(angle = 180, vjust = 1, color = "black"),
panel.border = element_rect(fill = NA))
# Device off and print
print(pairs.chrt)
dev.off()
В настоящее время я пытаюсь изменить отображение названий осей. В частности, я хотел бы, чтобы названия осей были:
- Размещено на большем расстоянии от меток оси
- Расположен под углом
В качестве примера я хотел бы получить названия осей, аналогичные тем, которые изображены ниже (меня интересуют только метки осей, а не остальная часть диаграммы):
Взято из: геовизуалист
Я попытался настроить свой синтаксис, изменив axis.title.x до разных значений, но это не дает желаемых результатов. Например, запустив код с angle = 45,
axis.title.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, color = "black"),
panel.border = element_rect(fill = NA))
возвращает тот же график. Я смог контролировать метки оси, изменив axis.text.x например, но я не могу найти ответ, как управлять заголовками осей на этом графике. Любая помощь будет высоко ценится.
3 ответа
Краткий ответ: Кажется, нет элегантного или простого способа сделать это, но вот обходной путь.
Я копался в ggpairs исходный код (в исходном коде пакета GGally, доступном в CRAN), чтобы увидеть, как на самом деле отображаются метки переменных. Соответствующая функция в ggpairs.R является print.ggpairs, Оказывается, переменные метки не являются частью ggplot объекты в каждой ячейке матрицы графика, т. е. они не являются заголовками осей, поэтому на них не влияет использование theme(axis.title.x = element_text(angle = 45) или похожие.
Скорее, они выглядят как текстовые аннотации с использованием grid.text (в упаковке 'grid'). grid.text принимает аргументы в том числе x, y, hjust, vjust, rot (где rot угол поворота), а также размер шрифта, семейство шрифтов и т. д. с использованием gpar (увидеть ?grid.text), но похоже, что в настоящее время невозможно передать различные значения этих параметров print.ggpairs - они установлены по умолчанию.
Вы можете обойти это, оставив свои переменные метки пустыми для начала, а затем добавив их позже с настроенным размещением, вращением и стилем, используя модификацию соответствующей части print.ggpairs код. Я придумал следующую модификацию. (Кстати, потому что оригинал GGally Исходный код был выпущен под лицензией GPL-3, как и эта модификация.)
customize.labels <- function(
plotObj,
varLabels = NULL, #vector of variable labels
titleLabel = NULL, #string for title
leftWidthProportion = 0.2, #if you changed these from default...
bottomHeightProportion = 0.1, #when calling print(plotObj),...
spacingProportion = 0.03, #then change them the same way here so labels will line up with plot matrix.
left.opts = NULL, #see pattern in left.opts.default
bottom.opts = NULL, #see pattern in bottom.opts.default
title.opts = NULL) { #see pattern in title.opts.default
require('grid')
vplayout <- function(x, y) {
viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y)
}
numCol <- length(plotObj$columns)
if (is.null(varLabels)) {
varLabels <- colnames(plotObj$data)
#default to using the column names of the data
} else if (length(varLabels) != numCol){
stop('Length of varLabels must be equal to the number of columns')
}
#set defaults for left margin label style
left.opts.default <- list(x=0,
y=0.5,
rot=90,
just=c('centre', 'centre'), #first gives horizontal justification, second gives vertical
gp=list(fontsize=get.gpar('fontsize')))
#set defaults for bottom margin label style
bottom.opts.default <- list(x=0,
y=0.5,
rot=0,
just=c('centre', 'centre'),#first gives horizontal justification, second gives vertical
gp=list(fontsize=get.gpar('fontsize')))
#set defaults for title text style
title.opts.default <- list(x = 0.5,
y = 1,
just = c(.5,1),
gp=list(fontsize=15))
#if opts not provided, go with defaults
if (is.null(left.opts)) {
left.opts <- left.opts.default
} else{
not.given <- names(left.opts.default)[!names(left.opts.default) %in%
names(left.opts)]
if (length(not.given)>0){
left.opts[not.given] <- left.opts.default[not.given]
}
}
if (is.null(bottom.opts)) {
bottom.opts <- bottom.opts.default
} else{
not.given <- names(bottom.opts.default)[!names(bottom.opts.default) %in%
names(bottom.opts)]
if (length(not.given)>0){
bottom.opts[not.given] <- bottom.opts.default[not.given]
}
}
if (is.null(title.opts)) {
title.opts <- title.opts.default
} else{
not.given <- names(title.opts.default)[!names(title.opts.default) %in%
names(title.opts)]
if (length(not.given)>0){
title.opts[not.given] <- title.opts.default[not.given]
}
}
showLabels <- TRUE
viewPortWidths <- c(leftWidthProportion,
1,
rep(c(spacingProportion,1),
numCol - 1))
viewPortHeights <- c(rep(c(1,
spacingProportion),
numCol - 1),
1,
bottomHeightProportion)
viewPortCount <- length(viewPortWidths)
if(!is.null(titleLabel)){
pushViewport(viewport(height = unit(1,"npc") - unit(.4,"lines")))
do.call('grid.text', c(title.opts[names(title.opts)!='gp'],
list(label=titleLabel,
gp=do.call('gpar',
title.opts[['gp']]))))
popViewport()
}
# viewport for Left Names
pushViewport(viewport(width=unit(1, "npc") - unit(2,"lines"),
height=unit(1, "npc") - unit(3, "lines")))
## new for axis spacingProportion
pushViewport(viewport(layout = grid.layout(
viewPortCount, viewPortCount,
widths = viewPortWidths, heights = viewPortHeights
)))
# Left Side
for(i in 1:numCol){
do.call('grid.text',
c(left.opts[names(left.opts)!='gp'],
list(label=varLabels[i],
vp = vplayout(as.numeric(i) * 2 - 1 ,1),
gp=do.call('gpar',
left.opts[['gp']]))))
}
popViewport()# layout
popViewport()# spacing
# viewport for Bottom Names
pushViewport(viewport(width=unit(1, "npc") - unit(3,"lines"),
height=unit(1, "npc") - unit(2, "lines")))
## new for axis spacing
pushViewport(viewport(layout = grid.layout(
viewPortCount, viewPortCount,
widths = viewPortWidths, heights = viewPortHeights)))
# Bottom Side
for(i in 1:numCol){
do.call('grid.text',
c(bottom.opts[names(bottom.opts)!='gp'],
list(label=varLabels[i],
vp = vplayout(2*numCol, 2*i),
gp=do.call('gpar',
bottom.opts[['gp']]))))
}
popViewport() #layout
popViewport() #spacing
}
И вот пример вызова этой функции:
require('data.table')
require('GGally')
require('grid')
fake.data <- data.table(test.1=rnorm(50), #make some fake data for demonstration
test.2=rnorm(50),
test.3=rnorm(50),
test.4=rnorm(50))
g <- ggpairs(data=fake.data,
columnLabels=rep('', ncol(fake.data)))
#Set columnLabels to a vector of blank column labels
#so that original variable labels will be blank.
print(g)
customize.labels(plotObj=g,
titleLabel = 'Test plot', #string for title
left.opts = list(x=-0.5, #moves farther to the left, away from vertical axis
y=0.5, #centered with respect to vertical axis
just=c('center', 'center'),
rot=90,
gp=list(col='red',
fontface='italic',
fontsize=12)),
bottom.opts = list(x=0.5,
y=0,
rot=45, #angle the text at 45 degrees
just=c('center', 'top'),
gp=list(col='red',
fontface='bold',
fontsize=10)),
title.opts = list(gp=list(col='green',
fontface='bold.italic'))
)
(Это делает некоторые очень уродливые ярлыки - только для демонстрации!)
Я не возился с размещением надписей где-то кроме левого и нижнего - как в вашем примере с Geovisualist - но я думаю, что вы сделаете это, изменив аргументы на vplayout в кодах "Левая сторона" и "Нижняя сторона" в customize.labels, x а также y координаты в grid.text определяются относительно области просмотра, которая разделяет область отображения на сетку в
pushViewport(viewport(layout = grid.layout(
viewPortCount, viewPortCount,
widths = viewPortWidths, heights = viewPortHeights
)))
Призыв к vplayout указывает, какая ячейка сетки используется для размещения каждой метки.
Предостережение: не полный ответ, но, возможно, предлагает способ приблизиться к нему. Вы можете сделать это, отредактировав grid объекты.
# Plot in current window
# use left to add space at y axis and bottom for below xaxis
# see ?print.ggpairs
print(pairs.chrt, left = 1, bottom = 1)
# Get list of grobs in current window and extract the axis labels
# note if you add a title this will add another text grob,
# so you will need to tweak this so not to extract it
g <- grid.ls(print=FALSE)
idx <- g$name[grep("text", g$name)]
# Rotate yaxis labels
# change the rot value to the angle you want
for(i in idx[1:6]) {
grid.edit(gPath(i), rot=0, hjust=0.25, gp = gpar(col="red"))
}
# Remove extra ones if you want
n <- ncol(airquality)
lapply(idx[c(1, 2*n)], grid.remove)
Мой ответ не решит проблему с диагональной меткой, но исправит оверлей.
У меня была эта проблема с отчетом, который я сейчас пишу, где заголовки осей всегда были над осями, особенно в ggpairs. Я использовал комбинацию настройки out.height/out.width в сочетании с fig.height / fig.width. Отдельно проблема не была решена, но вместе это было. fig.height / fig.width убрал метки с оси, но сделал их слишком маленькими для чтения, а out.height/out.width только увеличил график при неизменной проблеме. Ниже дал мне показанные результаты:
out.height="400px", out.width="400px",fig.height=10,fig.width=10
до: сюжет с проблемами
после:
