popbio - Почему он не читает мою колонку рождаемости
Я хочу сделать загрузку моих данных, используя popbio"s boot.transitions функция. Тем не менее, это как-то дает странную ошибку с колонкой рождаемости:
stagefate = read.table("file.csv", header = TRUE, sep=",")
stagefatenames<- c("individual", "stage", "fate","fertility")
trans2.3 <- stagefate[stagefatenames]
boot2.3 <- boot.transitions(trans2.3, 100)
ci2.3 <- quantile(boot2.3$lambda, c(0.025, 0.975))
hist(boot2.3$lambda, col = "grey80", xlab = "Lambda", main = "")
abline(v = ci2.3, lty = 3)
dput(trans2.3)
50+ ошибок:
Missing a fertility column with individual fertility rates
Что я оба не очень понимаю. Я добавил колонку "Плодородие", не знаю, как это не видно и как это исправить.
Кстати, мой стол выглядит так:
individual stage fate fertility
1 1 infant infant 0
2 2 infant infant 0
3 3 infant juvenile 0
4 4 infant juvenile 0
5 5 infant juvenile 0
6 6 juvenile adult 0
7 7 adult adult 0
8 8 adult adult 1
9 9 adult adult 1
dput (trans2.3)
structure(list(individual = 1:9, stage = structure(c(2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 3L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("adult", "infant", "juvenile"
), class = "factor"), fate = structure(c(2L, 2L, 3L, 3L, 3L,
1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("adult", "infant", "juvenile"), class =
"factor"),
fertility = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L)), row.names = c(NA,
-9L), class = "data.frame")
редактировать: данные были в неправильном формате, и это исправило одну предыдущую ошибку (матрица сортировки ошибок).
Однако ошибка рождаемости все еще сохраняется. В любом случае, это дает некоторый результат, который я нахожу действительно странным и, вероятно, будет вызван ошибкой рождаемости. Доверительные интервалы после начальной загрузки для любых данных, которые я вставляю, всегда меньше 1, что странно, поскольку наши лямбды, которые мы вычисляем, никогда не бывают такими низкими.