Копирование Вставка больших файлов Excel непосредственно в R (с большим количеством столбцов) - "Ошибка при сканировании"
Я могу использовать read.delim("clipboard") на содержимое Microsoft Excel и вставьте скопированный вывод консоли в text = Аргумент показан ниже. Это отлично работает.
df1 <- read.table(header = TRUE, text =
" a b
1 0.2267953 -0.25450740
2 -1.4967091 -0.90682792
3 -1.3156086 -0.08949872
4 0.2720266 -1.01155805
5 1.1755608 -1.73036765
6 0.5024211 -0.01226299
7 0.2806160 0.33141502
8 -1.8631702 0.35364807
9 0.2669309 0.90964756
10 -1.9147608 0.18394934")
Если в моем файле Excel слишком много столбцов, все начинает разрушаться. Я думаю, это потому, что мой вывод на консоль разделен на несколько частей. Если я скопирую вывод моей консоли "слишком много столбцов" из read.delim("clipboard") и вставьте его в text = Приведенный ниже аргумент приводит к следующей ошибке:
df2 <- read.table(header = TRUE, text =
" a b c
1 0.6604331 -0.09190024 -1.30400419
2 0.5114487 0.29496370 -1.25137557
3 0.1955764 0.30972257 0.00478639
4 -1.0400516 -1.08210784 -0.14906742
5 -0.5022574 -0.12988141 0.93325264
6 1.6502558 0.01255227 -0.58192138
7 -0.5359307 -0.92271576 0.43877026
8 -1.1947015 -1.05887833 0.89072608
9 1.0664275 -1.12816603 1.97051795
10 0.2466212 -0.78481492 -0.69115265
d e f
1 0.46968125 1.13310269 0.90007897
2 1.41915478 -0.15813081 -1.07687043
3 2.57197248 0.08487282 0.82166321
4 0.18698150 0.23860853 -0.04076551
5 1.20221764 -0.97671366 -0.13799642
6 0.64680778 -0.77625578 -1.01934201
7 0.25143965 -0.13433564 -2.11476517
8 -0.04562408 -0.41225541 -1.34095833
9 0.77567374 -0.53714819 1.12345455
10 -0.76428423 -0.22667688 -0.18617513
g h
1 0.3160803 0.6623033
2 0.6979845 1.3685583
3 -1.5598213 -0.6806526
4 -0.3178346 0.4211778
5 0.8634450 -1.5223605
6 0.4252802 0.1312011
7 -0.6166845 1.6632878
8 -0.2589889 -0.1199479
9 -0.7146200 0.7655468
10 -0.6124751 -0.6891370
")
#> Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :
#> line 11 did not have 4 elements
Есть ли этому решение 'Error in scan' ошибка? Я знаю о превосходном пакете datapasta @MilesMcBain, но хочу решение, которое не требует R Studio. Решения Base-R и Tidyverse приветствуются.
Также обратите внимание, что мне нужно сохранять данные непосредственно в моих скриптах без импорта из *.csv , *.tsv , или же *.xls файлы, отсюда и мотивация этого вопроса.
3 ответа
Одним из способов управления этим было бы написать файл в виде сжатой структуры данных, которую можно легко восстановить:
library(jsonlite)
toJSON(read.table('clipboard', header = TRUE))
Полная строка JSON будет выведена на консоль, и вы можете просто скопировать и вставить ее в свой код и присвоить ее объекту, скажем так data - обратите внимание, вам нужно заключить в кавычки строку JSON:
data <- '[{"a":0.0978,"b":0.1704,"c":0.469,"d":0.0919,"e":0.4881,"f":0.414,"g":0.865,"h":0.6461},{"a":0.4975,"b":0.3762,"c":0.5015,"d":0.8096,"e":0.1041,"f":0.8868,"g":0.7983,"h":0.072},{"a":0.2335,"b":0.1997,"c":0.7992,"d":0.3203,"e":0.694,"f":0.2838,"g":0.3469,"h":0.4552},{"a":0.8392,"b":0.2544,"c":0.6384,"d":0.9021,"e":0.7761,"f":0.806,"g":0.431,"h":0.9182},{"a":0.2685,"b":0.2624,"c":0.8339,"d":0.1081,"e":0.3896,"f":0.6784,"g":0.7051,"h":0.2658},{"a":0.4708,"b":0.3424,"c":0.505,"d":0.2119,"e":0.3758,"f":0.1155,"g":0.0585,"h":0.2035},{"a":0.1734,"b":0.9656,"c":0.2278,"d":0.6977,"e":0.7876,"f":0.0204,"g":0.7441,"h":0.626},{"a":0.0751,"b":0.0729,"c":0.3399,"d":0.9851,"e":0.2846,"f":0.0652,"g":0.6614,"h":0.7401},{"a":0.9651,"b":0.9437,"c":0.8807,"d":0.2687,"e":0.6538,"f":0.3907,"g":0.8816,"h":0.5983}]'
Что дает вам хорошую сжатую единственную строку, в которой хранятся данные. В отличие от read.table(text = ...) у этого не будет проблем со слишком большим количеством столбцов или междустрочным интервалом - по крайней мере, если вы не пытаетесь загрузить массивный набор данных таким способом.
Вы можете легко восстановить фрейм данных, используя:
fromJSON(data)
a b c d e f g h
1 0.0978 0.1704 0.4690 0.0919 0.4881 0.4140 0.8650 0.6461
2 0.4975 0.3762 0.5015 0.8096 0.1041 0.8868 0.7983 0.0720
3 0.2335 0.1997 0.7992 0.3203 0.6940 0.2838 0.3469 0.4552
4 0.8392 0.2544 0.6384 0.9021 0.7761 0.8060 0.4310 0.9182
Если вы решили остаться в base окружающей среды, и предпочел бы не загружать jsonlite, вы все еще можете сделать это с write.csvпросто не так чисто
write.csv(df2)
Печать df2 на консоль как .csv, Затем вы можете скопировать и вставить это обратно в ваш код (на примере первых двух строк):
"","a","b","c","d","e","f","g","h"
"1",0.097767305,0.17043808,0.469039979,0.091881245,0.488090975,0.41400278,0.865041585,0.646119496
"2",0.497482762,0.376181817,0.50152601,0.809582305,0.104101727,0.8868107,0.798329506,0.072007646
А затем прочитайте обратно так - обратите внимание, вывод write.csv обернут в одинарные кавычки:
read.csv(text = '"","a","b","c","d","e","f","g","h"
"1",0.097767305,0.17043808,0.469039979,0.091881245,0.488090975,0.41400278,0.865041585,0.646119496
"2",0.497482762,0.376181817,0.50152601,0.809582305,0.104101727,0.8868107,0.798329506,0.072007646', header = T)
Недостаток использования .csv Просто в вашем коде сложная структура данных, но функционально она все равно будет работать.
Поэтому я запустил похожий код, и проблема не в том, сколько столбцов, а в том, сломаны они или нет. Я запускал его дважды, и когда я увеличил окно, он заставил R печатать все вместе, чтобы это работало. Я добавлю ссылки на распечатки, которые я взял, чтобы прояснить и код.
https://puu.sh/CEE61.png # это то, что вы хотите сделать, чтобы работать
df2 <- read.table(header = TRUE, text = "
1 a b c d e f
2 1 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
3 2 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
4 3 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
5 4 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
6 5 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
7 6 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
8 7 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
9 8 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
10 9 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
11 10 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
12 g h
13 1 456456456456 456456456456
14 2 456456456456 456456456456
15 3 456456456456 456456456456
16 4 456456456456 456456456456
17 5 456456456456 456456456456
18 6 456456456456 456456456456
19 7 456456456456 456456456456
20 8 456456456456 456456456456
21 9 456456456456 456456456456
22 10 456456456456 456456456456
")
#running this got a similar error, but running the next one doesn't
df2 <- read.table(header = TRUE, text = " a b c d e f g h
1 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
2 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
3 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
4 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
5 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
6 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
7 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
8 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
9 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456
10 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456 456456456456")
x <- readClipboard() получить содержимое буфера обмена
или: скопируйте из Excel и используйте "clipboad" как входной файл....
read.table(file = "clipboard", sep = "\t")