r - ошибка пакетной вставки rmongodb: ожидается список объектов класса mongo.bson

Question

ситуация

У меня есть список спортсменов lst_ath

lst_ath <- structure(list(`1` = structure(c("1125266", "ath_1"), .Names = c("id", 
"name")), `2` = structure(c("1125265", "ath_2"), .Names = c("id", 
"name")), `3` = structure(c("1125264", "ath_3"), .Names = c("id", 
"name")), `4` = structure(c("1125263", "ath_4"), .Names = c("id", 
"name")), `5` = structure(c("1125262", "ath_5"), .Names = c("id", 
"name")), `6` = structure(c("1125261", "ath_6"), .Names = c("id", 
"name")), `7` = structure(c("1125260", "ath_7"), .Names = c("id", 
"name")), `8` = structure(c("1125259", "ath_8"), .Names = c("id", 
"name")), `9` = structure(c("1125258", "ath_9"), .Names = c("id", 
"name")), `10` = structure(c("1125257", "ath_10", "(NZ)"), .Names = c("id", 
"name", "country"))), .Names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", 
"7", "8", "9", "10"))

И связь с местным mongodb под названием "спортсмены", с коллекцией под названием "спортсмены"

> library(rmongodb)
> mongo <- mongo.create()
> 
> #check connection
> mongo.is.connected(mongo)
[1] TRUE
> 
> #set the database
> db <- "athletes"
> mongo.get.database.collections(mongo, db)
[1] "athletes.athletes"

И mongo.bson объект query из списка lst_ath

query <- mongo.bson.from.list(lst_ath)
str(query)
Class 'mongo.bson'  atomic [1:1] 0
  ..- attr(*, "mongo.bson")=<externalptr> 
>

вопрос

Я пытаюсь пакетно вставить query использование объекта mongo.insert.batch(mongo, db, query), но получите ошибку:

> mongo.insert.batch(mongo, db, query)
Error in mongo.insert.batch(mongo, db, query) : 
  Expected a list of mongo.bson class objects

Как я создал query с mongo.bson.from.list(lst_ath), и мой str(query) шоу Class 'mongo.bson' atomic [1:1] 0 Я не могу понять ошибку.

Что мне не хватает?

Обновить

Помимо решения @NicE, мне также нужно определить коллекцию, которая будет вставлена, а не только базу данных, то есть:

> #set the database
> db <- "athletes.athletes"

Answer 1

Похоже, вы делаете массив при вызове mongo.bson.from.list в вашем списке векторов. поскольку mongo.insert.batch потребности query быть списком 'mongo.bson', это дает вам ошибку.

Попробуй это:

#make a mongo bson for each element of lst_ath
query <- lapply(lst_ath,function(x){mongo.bson.from.list(as.list(x))})


#check that query is a list of mongo.bson objects
str(query)
#List of 10
# $ 1 :Class 'mongo.bson'  atomic [1:1] 0
#  .. ..- attr(*, "mongo.bson")=<externalptr> 
# $ 2 :Class 'mongo.bson'  atomic [1:1] 0
#  .. ..- attr(*, "mongo.bson")=<externalptr> 
# $ 3 :Class 'mongo.bson'  atomic [1:1] 0
#  .. ..- attr(*, "mongo.bson")=<externalptr> 


#insert them
mongo.insert.batch(mongo, db, query)