Python IndexError: перечислить индекс вне диапазона при поиске SNP в vcf

Question

Привет всем, я должен использовать скрипт Python для определения возможных SNP в указанных позициях из файла CSV в файлах VCF.
Я только начал использовать Python и, к сожалению, я всегда получаю следующее сообщение об ошибке:

 Traceback (most recent call last):
 File "getSNPs.py", line 20, in <module>    oo = line[2] + "_" +
 line[3]
 IndexError: list index out of range from the following script
 !/bin/python usage: python getSNPs.py your.vcf PhenoSNPs.csv

Код:

import sys
import gzip

SNPs = {}

for i in gzip.open(sys.argv[1], "r"):
    if '#' not in i:
        line = i.split("\t")
        oo = line[0] + "_" + line[1]
        SNPs[oo] = i

pp = sys.argv[1] + ".captureSNPs"

out = open(pp, "w")

for i in open(sys.argv[2], "r"):
    line = i.split(",")
    oo = line[2] + "_" + line[3]
    try:
        out.write(SNPs[oo])
    except KeyError:
        ow = line[2] + "\t" + line[3] + "\t" + "not covered" + "\n"
        out.write(ow)   

Answer 1

Если, например, i = 'aa' и вы делаете line = i.split(",") это означает, что line = ['aa']тогда вы получите IndexError когда вы делаете line[2] + "_" + line[3] так как line не имеет 2-го и 3-го элементов.

использование try/except или переосмыслите логику вашего кода.