Расстояние Хэмминга между двумя строками в Python

Я новичок в Python и мне нужно найти расстояние Хемминга между двумя строками:

chaine1 = 6fb17381822a6ca9b02153d031d5d3da

chaine2 = a242eace2c57f7a16e8e872ed2f2287d

Функция XOR не работала, и мой поиск в сети был не очень успешным.

Я пытался изменить что-то, что я нашел в Интернете, но есть некоторый неверный синтаксис...:

assert len (chaine1) == len(chaine2)

return sum(chaine1 != chaine2 for chaine1, chaine2 in zip(chaine1, chaine2))


if __name__=="__main__":    
chaine1 = hashlib.md5("chaine1".encode()).hexdigest()

chaine2 = hashlib.md5("chaine2".encode()).hexdigest()
print hamming_distance(chaine1, chaine2)

Любые идеи о том, как я мог бы продолжить? Спасибо!

Источник

3 ответа

Решение

Ниже приведена программа расчета расстояния Хэмминга двумя различными способами.

import hashlib

def hamming_distance(chaine1, chaine2):
    return sum(c1 != c2 for c1, c2 in zip(chaine1, chaine2))

def hamming_distance2(chaine1, chaine2):
    return len(list(filter(lambda x : ord(x[0])^ord(x[1]), zip(chaine1, chaine2))))

if __name__=="__main__":    
    chaine1 = hashlib.md5("chaine1".encode()).hexdigest()
    chaine2 = hashlib.md5("chaine2".encode()).hexdigest()

    #chaine1 = "6fb17381822a6ca9b02153d031d5d3da"
    #chaine2 = "a242eace2c57f7a16e8e872ed2f2287d"

    assert len(chaine1) == len(chaine2)

    print(hamming_distance(chaine1, chaine2))

    print(hamming_distance2(chaine1, chaine2))

Причина, по которой вы получаете Invalid syntax: ... Возможно, у вас нет отступов, которые требуются в Python.

Источник 
      from scipy.spatial import distance

DNA1 = list("GAGCCTACTAACGGGAT")
DNA2 = list("CATCGTAATGACGGCCT") 

d = round(distance.hamming(DNA1, DNA2) * len(DNA1))
print(d)  # 7
Источник

Сначала следует определение расстояния Хэмминга между двумя струнами.

Расстояние между двумя струнами одинаковой длины - это количество позиций, в которых эти струны меняются. Говоря техническим языком, это мера минимального количества изменений, необходимых для превращения одной строки в другую.

Давайте найдем решение.

def hamming(s1,s2):
result=0
if len(s1)!=len(s2):
    print("String are not equal")
else:
    for x,(i,j) in enumerate(zip(s1,s2)):
        if i!=j:
            print(f'char not math{i,j}in {x}')
            result+=1
return result
s1="rover"
s2="river"
print(hamming(s1,s2))

Результат: char не соответствует ('o', 'i') в 1

Источник
Другие вопросы по тегам