Не могу воссоздать среду Конды в докере

Question

Я создал среду conda из свежей установки miniconda3.

После этого я экспортировал его, и это содержимое файла (моей единственной дополнительной установкой была фляга):

name: myenv
channels:
  - defaults
dependencies:
  - ca-certificates=2018.03.07=0
  - certifi=2018.11.29=py37_0
  - click=7.0=py37_0
  - flask=1.0.2=py37_1
  - itsdangerous=1.1.0=py37_0
  - jinja2=2.10=py37_0
  - libcxx=4.0.1=hcfea43d_1
  - libcxxabi=4.0.1=hcfea43d_1
  - libedit=3.1.20170329=hb402a30_2
  - libffi=3.2.1=h475c297_4
  - markupsafe=1.1.0=py37h1de35cc_0
  - ncurses=6.1=h0a44026_1
  - openssl=1.1.1a=h1de35cc_0
  - pip=18.1=py37_0
  - python=3.7.1=haf84260_7
  - readline=7.0=h1de35cc_5
  - setuptools=40.6.2=py37_0
  - sqlite=3.26.0=ha441bb4_0
  - tk=8.6.8=ha441bb4_0
  - werkzeug=0.14.1=py37_0
  - wheel=0.32.3=py37_0
  - xz=5.2.4=h1de35cc_4
  - zlib=1.2.11=h1de35cc_3
prefix: /Users/rossid/miniconda3/envs/phadmin

Теперь, что я хочу, это воссоздать эту среду в образе Docket, поэтому я создал этот Dockefile

FROM continuumio/miniconda3
ADD * myappdir/
RUN conda env create -f /myappdir/environment.yml

но это не удастся с:

Step 1/5 : FROM continuumio/miniconda3
 ---> d3c252f8727b
Step 2/5 : ADD * myappdir/
 ---> Using cache
 ---> 2afbf5ea75bd
Step 3/5 : RUN conda env create -f /myappdir/environment.yml
 ---> Running in 7f916bd46979
Solving environment: ...working... failed

ResolvePackageNotFound: 
  - tk==8.6.8=ha441bb4_0
  - ncurses==6.1=h0a44026_1
  - markupsafe==1.1.0=py37h1de35cc_0
  - readline==7.0=h1de35cc_5
  - zlib==1.2.11=h1de35cc_3
  - openssl==1.1.1a=h1de35cc_0
  - xz==5.2.4=h1de35cc_4
  - libcxxabi==4.0.1=hcfea43d_1
  - libcxx==4.0.1=hcfea43d_1
  - libffi==3.2.1=h475c297_4
  - sqlite==3.26.0=ha441bb4_0
  - python==3.7.1=haf84260_7
  - libedit==3.1.20170329=hb402a30_2

почему это происходит? Если я пытаюсь сделать то же самое, чтобы создать другую среду, это работает. Если я удаляю версию сборки, некоторые зависимости разрешаются (я имею в виду третью координату в зависимостях).

Я пытался добавить больше каналов, таких как conda-forge, но ничего.

Также мой файл.condarc пуст.

Кто-нибудь знает, как это исправить?

Answer 1

У меня была аналогичная проблема, и я нашел несколько способов ее решения. Основная проблема с вашим подходом заключается в том, что conda не зависит от платформы, поэтому заставит среды использовать pip.

1. Конда-подобное решение

Измените свой my_env.yml так, чтобы все зависимости, кроме pip, находились под зависимостью pip. Обратите внимание, что синтаксис отличается, когда вы перемещаетесь под точкой.

Например:

      name: myenv
channels:
  - defaults
dependencies:
   - pip=18.1
   - pip:
     - wheel==0.32.3

Затем перейдите в свой Dockerfile и добавьте следующую строку:

      RUN conda env update -n base --file myenv.yml

2. Старый добрый путь Пипа

Экспортируйте свою среду conda в файл требований pip, как в этом ответе

      conda install pip
pip freeze > requirements.txt

Затем перейдите в свой файл Docker и добавьте следующую строку:

      RUN python -m pip install -r requirements.txt

Answer 2

Сборка докера не удалась, потому что ваш входной файл yml включает ограничения сборки для конкретной платформы. Например:

      ResolvePackageNotFound: 
  - tk==8.6.8=ha441bb4_0
  - ncurses==6.1=h0a44026_1
  - markupsafe==1.1.0=py37h1de35cc_0
  - readline==7.0=h1de35cc_5
  - zlib==1.2.11=h1de35cc_3
  - openssl==1.1.1a=h1de35cc_0
  - xz==5.2.4=h1de35cc_4
  - libcxxabi==4.0.1=hcfea43d_1
  - libcxx==4.0.1=hcfea43d_1
  - libffi==3.2.1=h475c297_4
  - sqlite==3.26.0=ha441bb4_0
  - python==3.7.1=haf84260_7
  - libedit==3.1.20170329=hb402a30_2

Эти пакеты содержат специфичные для платформы хэши (например,ha441bb4_0). По сути, вы пытаетесь установить пакеты с платформы ОС на платформу Linux. Вот почему ответ Беркая будет работать в большинстве случаев использования. Более простой способ решить эту проблему - добавитьfrom-historyаргумент при экспорте вашей среды conda.

conda env export -f env_explicit.yml --from-history

Этот аргумент будет включать только пакеты, которые вы явно указали во время установки. Этот аргумент также будет игнорировать любые зависимости от конкретной платформы.

И ваш новый Dockerfile будет выглядеть следующим образом:

      FROM continuumio/miniconda3
ADD * myappdir/
RUN conda env create -f /myappdir/env_explicit.yml

Ссылка: conda не может создать среду из yml