Почему значения NULL приводятся к отрицательному целому числу при использовании DBI в R
Я подключаюсь к базе данных SQLite, используя DBI в R, используя следующий скрипт
db = "/Path/To/Database/Foo.db"
obsTable = "obs"
obsQryStr <- paste('select * from ', obsTable)
con <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), dbname = db)
importedData <- dbGetQuery( con, obsQryStr)
dbDisconnect(con)
В рассматриваемой таблице есть ряд столбцов целочисленных значений. Вот вывод head(importedData,12):
time subject encounter location temp hr sbp dbp rr spo2 o2Log avpu gcs concern
1 2010-01-01 08:00 2 1 1 NA 97 113 66 12 100 1 A 15 0
2 2010-01-01 08:15 2 1 1 36.2 95 110 62 12 100 1 A 15 0
3 2010-01-01 08:30 2 1 1 36.2 84 90 61 12 100 1 A 15 0
4 2010-01-01 08:45 2 1 1 36.2 80 96 55 12 100 1 A 15 0
5 2010-01-01 09:00 2 1 1 36.2 77 88 51 12 100 0 A 15 0
6 2010-01-01 09:15 2 1 1 36.3 75 91 50 12 100 0 A 15 0
7 2010-01-01 09:30 2 1 1 36.3 76 92 52 12 100 1 A 15 0
8 2010-01-01 10:00 2 1 1 36.4 73 91 52 12 100 0 A 15 0
9 2010-01-01 10:30 2 1 1 36.5 71 91 51 12 100 1 A 15 0
10 2010-01-01 11:30 2 1 1 36.6 69 92 53 12 100 1 A 15 0
11 2010-01-01 12:30 2 1 1 36.6 76 118 63 14 100 1 A 15 0
12 2010-01-01 13:00 2 1 1 NA -2147483648 NA -2147483648 NA -2147483648 1 A 15 0
Как видно из строки 12, для некоторых столбцов значения NULL были заменены на -2147483648 вместо NA. Почему это происходит и как я могу это остановить?
SQL для соответствующих строк:
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sim` (
`time` TEXT,
`subject` INTEGER,
`encounter` INTEGER,
`location` INTEGER,
`temp` REAL,
`hr` INTEGER,
`sbp` INTEGER,
`dbp` INTEGER,
`rr` INTEGER,
`spo2` INTEGER,
`o2Log` INTEGER,
`avpu` TEXT,
`gcs` INTEGER,
`concern` INTEGER
);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 08:00',2,1,1,NULL,97,113,66,12,100,1,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 08:15',2,1,1,36.2,95,110,62,12,100,1,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 08:30',2,1,1,36.2,84,90,61,12,100,1,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 08:45',2,1,1,36.2,80,96,55,12,100,1,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 09:00',2,1,1,36.2,77,88,51,12,100,0,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 09:15',2,1,1,36.3,75,91,50,12,100,0,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 09:30',2,1,1,36.3,76,92,52,12,100,1,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 10:00',2,1,1,36.4,73,91,52,12,100,0,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 10:30',2,1,1,36.5,71,91,51,12,100,1,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 11:30',2,1,1,36.6,69,92,53,12,100,1,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 12:30',2,1,1,36.6,76,118,63,14,100,1,'A',15,0);
INSERT INTO `sim` (time,subject,encounter,location,temp,hr,sbp,dbp,rr,spo2,o2Log,avpu,gcs,concern) VALUES ('2010-01-01 13:00',2,1,1,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,1,'A',15,0);
Единственная подсказка, которую я имею, заключается в том, что уязвимые столбцы по какой-то причине преобразуются из INT как предпочтительного типа в базе данных SQLite в числовой. sapply(importedData, class) производит следующий вывод:
time subject encounter location temp hr sbp dbp rr spo2
"character" "integer" "integer" "integer" "numeric" "numeric" "integer" "numeric" "integer" "numeric"
o2Log avpu gcs concern
"integer" "character" "integer" "integer"
0 ответов
Похоже, это ошибка в RSQLite. Об этом сообщалось здесь: https://github.com/r-dbi/RSQLite/issues/291
И исправлено в 2.1.2: https://github.com/r-dbi/RSQLite/releases/tag/v2.1.2