Нанесите несколько слоев с помощью ggplot2

Question

Я пытаюсь построить два data.frame как два слоя, используя ggplot2 функцию "geom_raster". Верхний слой содержит значения NA, которые установлены на "прозрачный", чтобы сделать нижний слой видимым. Поскольку функцию scale_fill_xxx нельзя использовать дважды, я пробовал следующий код (на основе этого поста: ggplot2 - использование двух разных цветовых шкал для наложенных графиков):

library(ggplot2)

df1 <- data.frame(x=rep(c(1,2,3),times=3), y=c(1,1,1,2,2,2,3,3,3), data= c(NA,4,9,NA,2,7,NA,NA,3))
df2 <- data.frame(x=rep(c(1,2,3),times=3), y=c(1,1,1,2,2,2,3,3,3), data= c(1,NA,NA,2,NA,NA,1,2,NA))

ggplot() + 
geom_raster(data=df1, aes(y= y, x= x, fill= data)) + 
scale_fill_gradientn(name="df1", colours=c("red", "blue"), na.value = "transparent") + 
geom_raster(data= df2, aes(y= y, x= x, colour= as.factor(data))) + 
scale_colour_manual(values = c("green", "black"), name= "df2", labels= c("Class 1", "Class 2"), na.value="transparent")

Дело в том, что решение "color" / "scale_colour_manual" не возвращает того, что я ожидаю (вместо этого оно возвращает темно-серый график). Мне бы хотелось, чтобы столбец df1 "data" был представлен в шкале от красного до синего (NA должны быть прозрачными), а столбец df2 "data" был представлен в соответствии с номером класса ("1"= зеленый и "2"= черный).

Может ли кто-нибудь помочь мне понять, что не так с моей процедурой?

Answer 1

Вот решение:

df3 = merge(df1, df2, by = c("x","y"))
names(df3)[names(df3) == "data.x"] <- "data.1"
names(df3)[names(df3) == "data.y"] <- "data.2"
df3$data = df3$data.1
df3$data[is.na(df3$data)] = df3$data.2[is.na(df3$data)]

myGrad <- colorRampPalette(c('blue','red')) # color gradient
min_value = min(df3$data[df3$data >2]) # minimum value except 1 and 2
max_value = max(df3$data) # maximum value 
param = max_value - min_value + 1 # number of colors in the gradient


ggplot(df3, aes(x, y, fill = data)) + geom_raster() + 
scale_fill_gradientn(colours=c("green","black", myGrad(param)), 
values = rescale(c(1, 2, seq(min_value, max_value, 1))), na.value = "transparent")

Я думаю, вы будете использовать этот график с более высокими значениями и диапазонами, я пытался с матрицей 5x5:

set.seed(123)
df4 = data.frame(x=rep(c(1,2,3,4,5),5), y=c(rep(1,5), rep(2,5), rep(3,5), rep(4,5), rep(5,5)), 
data = sample(c(1:20), 25, prob = c(0.2,0.2,rep(0.6/18,18)), replace = T))
min_value = min(df4$data[df4$data >2])
max_value = max(df4$data)
param = max_value - min_value + 1 

ggplot(df4, aes(x, y, fill = data)) + geom_raster() + 
scale_fill_gradientn(colours=c("green","black", myGrad(param)), 
values = rescale(c(1, 2, seq(min_value, max_value, 1))), na.value = "transparent")