Ошибка с t-тестом

Question

У меня возникают ошибки при обычном t-тесте:

  data <- read.table("/Users/vdas/Documents/RNA-Seq_Smaples_Udine_08032013/GBM_29052013/UD_RP_25072013/filteredFPKM_matrix.txt",sep="",header=TRUE,stringsAsFactors=FALSE)

  PGT <- cbind(data[,2],data[,7],data[,24])
  PDGT <- cbind(data[,6],data[,8])
  pval2 <- NULL
  for(i in 1:length(PGT[,1])){
     pval2 <- c(pval2,t.test(as.numeric(PDGT[i,]),as.numeric(PGT[i,]))$p.value)
     print(i)
  }

Ошибка:

Error in t.test.default(as.numeric(PDGT[i, ]), as.numeric(PGT[i, ])) : 
  not enough 'x' observations

Я не могу понять, что пошло не так с вектором. Подскажите пожалуйста? Я не смог понять это.

Answer 1

Скорее всего ваши данные имеют NA ценности. Например: -

x<-rep(NA,4)
t.test(x)

Error in t.test.default(x) : not enough 'x' observations

Answer 2

Из вашего комментария кажется, что ошибка произошла из-за пропущенного значения. Вы можете исключить пропущенные значения, установив na.rm=TRUE, Ссылка:- Отсутствует значение. Перед тем как опубликовать вопрос R, взгляните на Как сделать отличный пример для воспроизведения R?

Answer 3

Удалять NA значения, которые вы делаете:

> a <- sample(c(NA, 1:5), 20, replace = TRUE)
> a
 [1] NA  1  2 NA  1  5  4  4  3  3  2  4 NA  4 NA NA  1  2 NA  5
> b <- na.omit(a)
> b
 [1] 1 2 1 5 4 4 3 3 2 4 4 1 2 5