Исключить узел в semPaths {semPlot}

Question

Я пытаюсь проложить семейный путь с R.

Я использую выходной файл из Mplus с semPaths {semPLot}.

Видимо, это работает, но я хочу удалить некоторые скрытые переменные, и я не знаю, как.

Я использую следующий синтаксис:

Выход из Mplus: https://www.dropbox.com/s/vo3oa5fqp7wydlg/questedMOD2.out?dl=0

outfile1 <- "questedMOD.out"
```

semPaths(outfile1,what="est", intercepts=FALSE, rotation=4,  edge.color="black", sizeMan=5, esize=TRUE, structural="TRUE",  layout="tree2", nCharNodes=0, intStyle="multi" )   

Answer 1

Может быть более простой способ сделать это (и игнорировать, если это целесообразно) - один из способов сделать это - удалить узлы из объекта перед построением.

Используя пример Mplus из вашего вопроса Поверните края в semPaths/qgraph

library(qgraph)
library(semPlot)
library(MplusAutomation)

# This downloads an output file from Mplus examples
download.file("http://www.statmodel.com/usersguide/chap5/ex5.8.out", 
                                        outfile <- tempfile(fileext = ".out"))

# Unadjusted plot
s <- semPaths(outfile, intercepts = FALSE)

В приведенном выше призыв к semPaths, outfile имеет класс character, поэтому строка (около начала кода для semPaths)

 if (!"semPlotModel" %in% class(object)) 
                    object <- do.call(semPlotModel, c(list(object), modelOpts))  

возвращает объект из semPlot:::semPlotModel.mplus.model(outfile), Это класса "semPlotModel",

Таким образом, идея состоит в том, чтобы сначала создать этот объект, изменить его, а затем передать этот объект semPaths,

# Call semPlotModel on your Mplus file
obj <- semPlot:::semPlotModel.mplus.model(outfile)
# obj <- do.call(semPlotModel, list(outfile)) # this is more general / not just for Mplus

# Remove one factor (F1) from object@Pars - need to check lhs and rhs columns
idx <- apply(obj@Pars[c("lhs", "rhs")], 1, function(i) any(grepl("F1", i)))
obj@Pars <- obj@Pars[!idx, ]

class(obj)

obj сейчас класса "semPlotModel" и может быть передан непосредственно semPaths

s <- semPaths(obj, intercepts = FALSE)

Ты можешь использовать str(s) чтобы увидеть структуру этого возвращаемого объекта.

Answer 2

Предполагая, что вы используете следующий код sempath для печати вашего SEM

      semPaths(obj, intercepts = FALSE)%>%
   plot()

вы можете использовать следующую функцию для удаления любого узла по его метке:

      remove_nodes_and_edges <- function(semPaths_obj,node_tbrm_vec){
   
   relevent_nodes_index <- semPaths_obj$graphAttributes$Nodes$names %in% node_tbrm_vec

   semPaths_obj$graphAttributes$Nodes$width[relevent_nodes_index]=0

   semPaths_obj$graphAttributes$Nodes$height[relevent_nodes_index]=0
   
   semPaths_obj$graphAttributes$Nodes$labels[relevent_nodes_index]=""

   return(semPaths_obj)

}

и используйте эту функцию в конвейере графика следующим образом

      semPaths(obj, intercepts = FALSE) %>%
   remove_nodes_and_edges(c("Y1","Y2","Y3")) %>%
   plot()