Сообщение об ошибке установки утконоса
Я пытаюсь установить Platypus и получил следующее сообщение об ошибке:
building 'htslibWrapper' extension
x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c htslibWrapper.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/htslibWrapper.o -msse2 -msse3 -funroll-loops -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -fPIC
htslibWrapper.c:243:25: fatal error: htslib/bgzf.h: No such file or directory
#include "htslib/bgzf.h"
^
compilation terminated.
error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
Я новичок в биоинформатике и не могу найти работающего решения в Интернете.
2 ответа
Установите htslib с http://www.htslib.org/download/ и скопируйте заголовки c в корневую папку Platypus:
cp -r htslib-x.x.x/htslib platypus_folder/
Строить снова
Иногда приложения биоинформатики не так хорошо описывают свои зависимости. Смотрите эту ссылку для возможного решения