Самый простой способ сопоставить CSV-файл с текстовым файлом для общих строк

Question

У меня есть список строк в файле CSV и другой текстовый файл, который я хотел бы найти для этих строк. Файл CSV содержит только строки, которые меня интересуют, но в текстовом файле есть куча других текстов, вкрапленных в строки, представляющие интерес (строки, которые меня интересуют, представляют собой идентификационные номера для базы данных белков). Каким будет самый простой способ сделать это? Я хочу проверить текстовый файл на наличие каждой строки в файле CSV. Я работаю в исследовательской лаборатории в одном из лучших университетов, так что вы помогаете самым современным исследованиям!

Спасибо:)

Answer 1

Я бы использовал Python для этого. Чтобы напечатать совпадающие строки, вы можете сделать это:

import csv
with open("strings.csv") as csvfile: 
    reader = csv.reader(csvfile)
    searchstrings = {row[0] for row in reader}   # Construct a set of keywords
with open("text.txt") as txtfile:
    for number, line in enumerate(txtfile):
        for needle in searchstrings:
            if needle in line: 
                print("Line {0}: {1}".format(number, line.strip()))
                break   # only necessary if there are several matches per line