Как записать в файл в виде табуляции?

Question

Итак, у меня есть этот фрейм данных из файла постели, который называется input.bed:

     V1       V2       V3  V4
 1 chr1 11323785 11617177 TF1
 2 chr1 12645605 13926923 TF2
 3 chr1 14750216 15119039 TF3
 4 chr1 18102157 19080189 TF1
 5 chr1 29491029 30934636 TF2
 6 chr1 33716472 35395979 TF4
 7 chr1 36712462 37685238 TF5
 8 chr1 37838094 38031209 TF3

Это фрейм данных, который я читаю из файла.bed (файл.bed имеет разделитель табуляции). Я хочу взять каждую строку и вывести ее в другой файл. Скажем, row1, я хочу, чтобы он был на input1.bed, строка 2 на input2.bed

Это была моя попытка:

 for(i in 1:nrow(input.bed))
  {
    file.create(paste("input",i,".bed",sep=""));

   }

 for(i in 1:nrow(input.bed))
 {
    write.table(unlist(input.bed[i,]),paste("input",i,".bed",sep=""),sep="\t");

}

По некоторым причинам вывод моих файлов, это из input1.bed:

    "V1"    "chr1"
    "V2"    "11323785"
    "V3"    "11617177"
    "V4"    "TF1"

Но я хочу, чтобы вывод был разделен табуляцией следующим образом:

    chr1 11323785 11617177 TF1

Что я делаю неправильно?

Answer 1

Вы можете использовать только один for цикл следующим образом (q это ваш фрейм данных)

for(i in 1:nrow(q)){
  write.table(x = q[i,], 
              file = paste('input',i,'.bed',sep=''), 
              row.names = F, 
              col.names = F, 
              quote = F, 
              sep = '\t')
}

По сути, ваш подход был верным, вам просто нужно сообщить функции, что вы не хотите, чтобы все поведение по умолчанию (например, имена столбцов / строк, кавычки).