Расстояние только до близких точек

Question

Учитывая набор X указывает, существует ли эффективный метод для вычисления частичной парной матрицы расстояний, которая содержит только значения, меньшие порога r?

Конечно, я могу вычислить всю матрицу парных расстояний с spatial.distance.pdist и брать только достаточно маленькие записи. Но для r намного меньше диаметра множества точек Xэто приведет к значительным потерям вычислений.