PyMedTermino Установка в Python 3

Question

У меня проблемы с установкой Snomed для Python 3. У меня есть виртуальная среда. Учебник по установке snomed находится по этой ссылке:

http://pythonhosted.org/PyMedTermino/tuto_en.html#installation

Шаг 3 - проблема, какие из этих ссылок - CIM10 и ICD10? поэтому я могу правильно установить переменные в шаге 4.

И как я могу установить эту библиотеку в виртуальной среде в Python 3?

Heloo я пытаюсь установить PyMedTermino 0.3.2 в питонской девственной среде Я следовал инструкциям по документации на сайте http://pythonhosted.org/PyMedTermino/tuto_en.html#installationно это не работает. Ниже приведен код с переменными для данных, а ошибки - комментарии сразу после заданных путей.

SNOMEDCT_DIR = 
SNOMEDCT_CORE_FILE =
ICD10_DIR = 
CIM10_DIR = 



# Get SNOMED CT CORE Problem list from:
# http://www.nlm.nih.gov/research/umls/Snomed/core_subset.html

# Example: SNOMEDCT_CORE_FILE = "/home/jiba/telechargements/base_med/SNOMEDCT_CORE_SUBSET_201502.txt"
# SNOMEDCT_CORE_FILE = "/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/SNOMEDCT_CORE_SUBSET_201702/SNOMEDCT_CORE_SUBSET_201702.txt"
SNOMEDCT_CORE_FILE = "/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/SNOMEDCT_CORE_SUBSET_201611/SNOMEDCT_CORE_SUBSET_201611.txt"
#ERROR
#/usr/lib/python3.5/distutils/dist.py:261: UserWarning: Unknown distribution option: 'zip_safe'
#  warning msg


# Get ICD10 from (NB choose "ClaML" format):
# http://apps.who.int/classifications/apps/icd/ClassificationDownload/DLArea/Download.aspx

# Example: ICD10_DIR = "/home/jiba/telechargements/base_med/icd10"
# ICD10_DIR = "/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/ICD10"
ICD10_DIR = "/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/ICD10/icdClaML2016ens"
# ICD10_DIR = ""
#ERROR
###############################################################
# /home/angelica/Documents/PyEnv3/bin/python ./scripts/import_icd10.py "/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/ICD10" ""
# Traceback (most recent call last):
#   File "./scripts/import_icd10.py", line 229, in <module>
#     else:                     xml = open(os.path.join(ICD10_DIR, "icd102010en.xml"), encoding = "latin").read()
# FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/ICD10/icd102010en.xml'

###############################################################
# Get ICD10 French translation from ATIH:
# http://www.atih.sante.fr/plateformes-de-transmission-et-logiciels/logiciels-espace-de-telechargement/id_lot/456

# Example: CIM10_DIR = "/home/jiba/telechargements/base_med/cim10"
CIM10_DIR = "/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/NomenclatureCim10_1"
# CI M10_DIR = ""
#ERROR
#########################################################################
# /home/angelica/Documents/PyEnv3/bin/python ./scripts/import_icd10.py "/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/ICD10" ""
# Traceback (most recent call last):
#   File "./scripts/import_icd10.py", line 229, in <module>
#     else:                     xml = open(os.path.join(ICD10_DIR, "icd102010en.xml"), encoding = "latin").read()
# FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/ICD10/icd102010en.xml'

#########################################################################

Answer 1

Из вашей ошибки видно, что файл import_icd10.py ищет xml с именем icd102010en.xml. Вы поместили этот тип XML с именем icdClaML2016ens, чтобы он выдавал ошибку. Вы должны указать путь ICD10_DIR следующим образом.ICD10_DIR = "/home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/ICD10И измените имя файла xml вашего файла на icd102010en.xml.So после этой строки xml = open(os.path.join(ICD10_DIR, "icd102010en.xml")общий путь будет /home/angelica/Documents/PyEnv3/Snomed/ICD10/icd102010en.xmlСледовательно, это будет работать.