Ошибка установки python setup.py egg_info при установке python-биоформатов

Question

Я работаю над Ubuntu 16.04, и я установил virtualenvs. Я в одной среде и пытаюсь установить python-биоформаты. Инструкция по установке с официального сайта просто указывает на установку как:

pip install python-bioformats

Я сделал, но я получил следующее сообщение об ошибке:

(env2) daniel@Caenor:~/Envs$ pip install python-bioformats
Collecting python-bioformats
  Using cached python-bioformats-1.1.0.tar.gz
Collecting javabridge>=1.0 (from python-bioformats)
  Using cached javabridge-1.0.14.tar.gz
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-build-SUD0_e/javabridge/setup.py", line 375, in <module>
        ext_modules=ext_modules(),
      File "/tmp/pip-build-SUD0_e/javabridge/setup.py", line 93, in ext_modules
        java_home = find_javahome()
      File "/tmp/pip-build-SUD0_e/javabridge/javabridge/locate.py", line 73, in find_javahome
        java_bin = get_out(["bash", "-c", "type -p java"])
      File "/tmp/pip-build-SUD0_e/javabridge/javabridge/locate.py", line 70, in get_out
        raise Exception("Error finding javahome on linux: %s" % cmd)
    Exception: Error finding javahome on linux: ['bash', '-c', 'type -p java']

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-SUD0_e/javabridge/

Я думаю, что это означает, что мне нужен Javabridge. Я пытался установить, но я также получаю сообщение об ошибке:

(env2) daniel@Caenor:~$ pip install javabridge
Collecting javabridge
  Using cached javabridge-1.0.14.tar.gz
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/setup.py", line 375, in <module>
        ext_modules=ext_modules(),
      File "/tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/setup.py", line 93, in ext_modules
        java_home = find_javahome()
      File "/tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/javabridge/locate.py", line 73, in find_javahome
        java_bin = get_out(["bash", "-c", "type -p java"])
      File "/tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/javabridge/locate.py", line 70, in get_out
        raise Exception("Error finding javahome on linux: %s" % cmd)
    Exception: Error finding javahome on linux: ['bash', '-c', 'type -p java']

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/

Из документации для установки javabridge мне нужны numpy (у меня уже есть), Java Development Kit (JDK) и компилятор Си.

Я установил JPype1 (я думаю, что это JDK) Я попытался установить Javabridge, но я снова получил ошибку.

Чего не хватает, чтобы установить Javabridge и python-биоформаты?

Answer 1

Проблема в том, что у вас на заметке установлен Java. Вам нужно установить Java в вашей системе. Если вы думаете, что он установлен, то убедитесь, что он не находится в пути Linux для поиска исполняемых файлов, и вам нужно добавить путь к переменной Java в среде PATH, Всякий раз, когда у вас установлена ​​Java / добавьте в Linux PATH затем выполнить type -p java в командной строке, и он должен вернуть путь к java исполняемый файл.