Как использовать макет круга в библиотеке Ggraph в R

Question

Какой формат данных необходим для создания макета ggraph circlepack? Кажется, требуется иерархия.

Я обычно пробовал вершины и узлы, которые, по-видимому, не работают.

library(ggraph)
library(igraph)
edges=data.frame(from=c('a','b','c'), to= c('c','a','d'))
vertices=data.frame(nodes=c('a','b','c','d'), weight=c(1,2,3,4))
graph <- graph_from_data_frame(edges, vertices = vertices)
ggraph(graph, 'circlepack', weight = 'size') + 
geom_node_circle(size = 0.25, n = 50) + 
coord_fixed()

Затем я попробовал объект дендрограммы, который тоже не работает. Если я хочу показать несколько групп с подпунктами в упакованном круге, как мне построить объект графа?

кадр данных больше похож на этот

df <- data.frame(group=c("a","a","b","b","b"),    subitem=c("x","y","z,"u","v"), size=c(6,2,3,2,5))

Answer 1

Макет кольцевого пакета моделирует иерархическую / древовидную структуру с одним корнем и без циклов. Смоделировать df как макет кольцевой упаковки, вы должны учитывать, что a а также b в group столбец оба корня. Если мы добавим рут к df и оба a а также b быть детьми этого корня, мы можем представить его как circlepack:

library(ggraph)
library(igraph)
library(dplyr)


df <- data.frame(group=c("root", "root", "a","a","b","b","b"),    
                 subitem=c("a", "b", "x","y","z","u","v"), 
                 size=c(0, 0, 6,2,3,2,5))

# create a dataframe with the vertices' attributes

vertices <- df %>% 
  distinct(subitem, size) %>% 
  add_row(subitem = "root", size = 0)

graph <- graph_from_data_frame(df, vertices = vertices)

ggraph(graph, layout = "circlepack", weight = 'size') + 
  geom_node_circle(aes(fill =depth)) +
# adding geom_text to see which circle is which node 
  geom_text(aes(x = x, y = y, label = paste(name, "size=", size))) +
  coord_fixed()