Используйте имя файла или путь к файлу в программах R

Question

Кто-нибудь знает, возможно ли получить имя файла / путь к файлу программы R? Я ищу что-то похожее на "%sysfunc(GetOption(SYSIN)))" в SAS, который будет возвращать путь к файлу программы SAS (работает в пакетном режиме). Могу ли я сделать что-нибудь подобное в R?

Лучшее, что я смог придумать, это добавить имя файла и текущий каталог с помощью сочетаний клавиш в используемом мной текстовом редакторе (PSPad). Есть ли более простой способ сделать это?

Вот мой пример:

progname<-"Iris data listing"

# You must use either double-backslashes or forward slashes in pathnames
progdir<-"F:\\R Programming\\Word output\\"
# Set the working directory to the program location
setwd(progdir)

# Make the ReporteRs package available for creating Word output
library(ReporteRs)
# Load the "Iris" provided with R
data("iris")

options('ReporteRs-fontsize'=8, 'ReporteRs-default-font'='Arial')

# Initialize the Word output object
doc <- docx()
# Add a title
doc <- addTitle(doc,"A sample listing",level=1)

# Create a nicely formatted listing, style similar to Journal
listing<-vanilla.table(iris)

# Add the listing to the Word output
doc <- addFlexTable(doc, listing)

# Create the Word output file
writeDoc( doc, file = paste0(progdir,progname,".docx"))

Это работает довольно хорошо, как в пакетном, так и в RStudio. Я действительно ценю лучшее решение, хотя

Answer 1

Ссылка на Rscript: определение пути выполнения скрипта, предоставленного @Juan Bosco, содержала большую часть необходимой мне информации. Одной из проблем, которые он не решал, было выполнение R-программы в RStudio (поиск в RStudio был обсужден и решен). Я обнаружил, что эту проблему можно решить с помощью rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path),

Также следует отметить, что решения для пакетного режима не будут работать с использованием

Rterm.exe --no-restore --no-save < %1 > %1.out 2>&1

Решения требуют, чтобы --file= опция будет использоваться, например

D:\R\R-3.3.2\bin\x64\Rterm.exe --no-restore --no-save --file="%~1.R" > "%~1.out" 2>&1 R_LIBS=D:/R/library

Вот новая версия get_script_path функция размещена @aprstar. Это было изменено, чтобы также работать в RStudio (обратите внимание, что это требует rstudioapi библиотека.

# Based on "get_script_path" function by aprstar, Aug 14 '15 at 18:46
# https://stackru.com/questions/1815606/rscript-determine-path-of-the-executing-script
# That solution didn't work for programs executed directly in RStudio
# Requires the rstudioapi package
# Assumes programs executed in batch have used the "--file=" option
GetProgramPath <- function() {
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (cmdArgs[1] == "RStudio") {
        # An interactive session in RStudio
        # Requires rstudioapi::getActiveDocumentContext
        return(normalizePath(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))
    }
    else if (length(match) > 0) {
        # Batch mode using Rscript or rterm.exe with the "--file=" option
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } 
    else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        }
        else {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
    }
}

Я поместил это в моем .Rprofile файл. Теперь я могу получить информацию о файле в пакетном режиме или в RStudio, используя следующий код. Я не пробовал это с помощью source() но это тоже должно сработать.

# "GetProgramPath()" returns the full path name of the file being executed  
progpath<-GetProgramPath()
# Get the filename without the ".R" extension
progname<-tools::file_path_sans_ext(basename(progpath))
# Get the file directory
progdir<-dirname(progpath)   
# Set the working directory to the program location
setwd(progdir)