Как установить 'rj' в плагине StatET для Eclipse?
Я начал пытаться использовать StatET и Texlipse с целью создания отчетов SWEAVE. При запуске консоли R в подключаемом модуле StatET для Eclipse (OS X 10.6.4) я получаю сообщение:
[INFO] The R package 'rj' is not available, R-StatET tools cannot be initialized.
Информация на http://www.walware.de/goto/statet гласит:
"Пакет работает только в консоли R по умолчанию (RJ) в StatET. Поэтому его необходимо установить и обновить с помощью командной строки":
R CMD INSTALL --no-test-load rj_*.tar.gz
Что это значит точно?
В Eclipse в разделе "Установка нового программного обеспечения" и на сайте
WalWare - http://download.walware.de/eclipse-3.6
говорится, что
RJ Core Library 0.5.0.b201008271600sw
уже установлено.
Любое полезное руководство с благодарностью получено.
6 ответов
Похоже, вам нужно установить библиотеку RJ, которую можно скачать с сайта StatET здесь: http://download.walware.de/rj/rj_0.5.0-5.tar.gz (можно найти более свежие версии RJ). на http://www.walware.de/it/downloads/rj.mframe)
Если вы сохраните этот файл на своем рабочем столе, вы можете загрузить его в R с помощью команды, которую они предоставили. R CMD INSTALL --no-test-load rj_*.tar.gz после перехода на рабочий стол или в другое место, где вы сохранили файл библиотеки. Кроме того, вы МОЖЕТЕ иметь возможность использовать интерфейс GUI и выбрать Install packages from local ZIP files под Packages в R, хотя я не использовал R на Mac, поэтому расположение может немного отличаться.
[rant] Мне также не хватает репутации, чтобы поставить свой ответ туда, куда он должен. И там нет кнопки, указывающей на это. Просто большой экран, полный нигде не желаемого клика. Отрицательная открываемость отстой. Это засасывает затмение, и здесь тоже отстой. [/ Напыщенная]
Я нахожу RJ разочаровывающим под Ubuntu. В моей системе, с каждым крупным обновлением Ubuntu до новой версии R, мне приходится проходить эту процедуру снова и снова.
Однажды я попытался использовать символ тильды (~) в имени пути в некотором поле конфигурации Eclipse. Это молча провалилось.
Моя текущая конфигурация выглядит следующим образом. В моем файле ~/.Renviron:
R_LIBS_USER=~/etc/R/amd64/2.11
Когда rJava работает, здесь есть каталог rJava. Просто чтобы я не сходил с ума, в ~/etc/R/README я добавил, что моя текущая конфигурация R контролируется ~/.Renviron
Как-то в какой-то момент у меня возникли проблемы с разрешением, когда
R CMD javareconf
терпел неудачу. Однажды в отчаянии я по глупости запустил это под sudo чтобы обойти эту проблему, и в конечном итоге возникли проблемы с разрешениями на сгенерированные файлы. Глупый! Правильным решением было сделать все файлы в /etc/R читаемый мир. Может быть, javareconf важен, только если вы возитесь с Java по умолчанию. Раньше я управлял JRE Sun. С 10.10 у меня работает icedtea6, и, похоже, работает нормально. Однажды это было просто, чтобы заставить мою конфигурацию работать снова.
Как только у меня будет правильная привязка Java, из командной строки R:
install.packages("rJava")
У меня были проблемы с правами доступа к файлам в прошлом. Я думаю, что это было исправлено путем создания всех файлов в /etc/R читаемый мир.
Следующее - полезная диагностика, чтобы видеть, работало ли это из любой консоли R:
> system.file("jri",package="rJava")
[1] "/home/allan/etc/R/amd64/2.11/rJava/jri"
Если в Eclipse это не выглядит правильно, есть также некоторая доступная отладка при запуске, хотя прежде чем я заметил это в документации по StatET, потребовалось целое время.
Я создал конфигурацию запуска консоли R для R 2.11 debug На вкладке JRE добавьте -Dde.walware.rj.verbose=true, На вкладке "Общие" нажмите Allocate additional Error Log Consoles,
Основные параметры конфигурации следующие. Главная вкладка, Launch Type: RJ, На вкладке R_Config вам нужно выбрать Конфигурированную установку R или создать / редактировать ее, если у вас ее нет. Мой Name=R, Location=/usr/lib64/R На вкладке Окружающая среда у меня есть R_LIBS_USER=/home/USER/etc/R/amd64/2.11 в соответствии с тем, как я настроил вещи выше. Не используйте тильду (~) здесь!
Если вы закончите с этой проблемой столько же, сколько я, вы убьете много мертвых консолей. На главной вкладке я добавил опцию программы --no-save, Я не думаю, что это что-то делает, так как я не могу завершить свою консоль, нажав CTRL-D. На вкладке R_Console я добавил следующий фрагмент кода R:
q <- function(save = "no", status = 0, runLast = TRUE){
.Internal(quit(save, status, runLast))
#<environment: namespace:base>
}
Это избавляет от назойливой подсказки "сохранить рабочее пространство", когда убивает консоль R красным квадратом (это символ?) Мое текущее рабочее пространство также включает проект C, поэтому моя консоль R постоянно появляется под пустой консолью C-Build. Раздражает как весь ад! Это еще не решено, но я обнаружил, что из окон кода StatET связывание клавиш CTRL-R C тянет консоль R вверх.
Со мной R 2.11 debug Конфигурация я получаю дополнительную консоль под названием /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/bin/java, Вам нужно спелить консоль, чтобы найти ее. Ниже приведен соответствующий фрагмент успешной инициализации:
CONFIG: JR library path:
/home/allan/etc/R/amd64/2.11
/usr/local/lib64/R/site-library
/usr/lib64/R/library
10-Dec-2010 7:56:47 AM org.rosuda.rj.JRClassLoader addClassPath
FINE: Added '/home/allan/etc/R/amd64/2.11/rJava/java' to classpath of URL loader
Намного больше spoo, тогда наконец:
10-Dec-2010 7:56:48 AM de.walware.rj.server.jriImpl.RosudaJRIServer start
INFO: R engine started successfully. New Client-State: 'Connected'.
Выглядит хорошо, правда? Но о чудо в консоли R:
[INFO] The R package 'rj' is not available, R-StatET tools cannot be initialized.
Не обращайте внимания на лживого ублюдка! Оказывается, мой RJ работает просто отлично. Не знаю, почему это сообщение об ошибке сохраняется.
Каждый раз, когда вокруг этой проблемы возникает проблема, в моем кроссовке появляется новый удивительный кусок гравия.
Я не знаю, охватил ли я все, но на данный момент я написал достаточно. Возможно, если будут комментарии, я вернусь и заполню пробелы.
Примечание: нашел плагин Eclipse для переключения консоли с помощью клавиатуры здесь: Eclipse: Сочетание клавиш для переключения между консолями?
После установки RJ с помощью консоли R с помощью
install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="http://download.walware.de/rj-1.1")
(См. http://www.walware.de/?page=/it/statet/troubleshooting.mframe для правильной версии rj),
не забудьте обновить переменную R_LIBS в Eclipse (Windows -> Настройки -> StatET -> Выполнить / Отладка -> Среды R -> Редактировать). Чтобы узнать значение, просто наберите в консоли R:
packageDescription("rj").
В моей установке Windows 8 это возвращает C:/Users/Fibonacci.PYTHAGORAS/Documents/R/win-library/3.0/rj/Meta/package.rds, Значение R_LIBS я установил на
C:/Users/Fibonacci.PYTHAGORAS/Documents/R/win-library/3.0
это путь, по которому установлены все библиотеки.
Как указано в http://www.walware.de/?page=/it/statet/troubleshooting.mframe planning.mframe, более новые версии (версии> 0.5.5) не нуждаются в R CMD INSTALL etc... команда.
Здесь то же самое, что у меня было, и решение, которое я нашел.
Первоначально я установил Statet, используя встроенный инструмент Eclipse "Установить новое программное обеспечение...."
Кажется, он скачал Statet + rj и что процесс установки прошел хорошо.
После этой первой установки я попытался установить оба пакета снова. Затмение отказалось от чтения, что они уже установлены. И оба пакета / программы фактически были перечислены в окне Eclipse.
Но консоль R по-прежнему отказывалась запускаться, и в диалоговом окне показывалось, что мне нужно проверить, доступен ли rj и указаны ли правильные пути к файлам. Другая странная вещь заключалась в том, что проводник окон не смог найти rj на моем диске.
???
Чтобы решить всю мою проблему, я просто скачал rj с http://www.walware.de/ и установил этот пакет через консоль r и с помощью базовой команды install.packages().
Теперь это работает отлично.
Но я до сих пор не все понимаю.....:-)
Я бы сделал комментарий, но мне не хватает необходимой репутации. Для Windows процедура такая же. Там нет почтового файла. Используйте tar.gz. Работал на меня. Команда, работающая из той же папки, что и загруженный файл:
$ G: \ R-2.12.0 \ bin \ i386 \ R.exe CMD УСТАНОВИТЬ --no-test-load rj_*. Tar.gz
Сейчас проект размещен на GitLab, см . https://gitlab.com/walware/de.walware.rj-server.gr/-/wikis/Installation.
Установить:
install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="https://download.walware.de/rj-4.0")
Обратите внимание, что бинарные пакеты доступны для Windows.
Как объясняется в этом сообщении Стефана Уолбринка от 03 февраля 2022 г., объявляющем о выпуске StatET 4.5, эта версия работает с версиями R 3.6–4.1 и RJ-4.0.
Текущую информацию о StatET см. на домашней странице и особенно в новостях .