R установить рабочий каталог в папку

Question

Я пытаюсь установить рабочий каталог в другую подпапку в функции. Я ожидал, что команда print распечатает

C:/Users/Blah/Desktop/dir2/SUBFOLDER 

вместо этого он печатает

C:/Users/Blah/Desktop/dir2

Тем не менее, когда я запускаю dirs в консоли, я получаю:

C:/Users/Blah/Desktop/dir2/SUBFOLDER 
...(Much longer list)

как я и ожидал. Вот мой код:

temp<-function(path)
{
  print(path) #output is C:/Users/Blah/Desktop/dir2
  setwd(path)
  print(getwd())
  xml=xmlParse("filename.xml")
  ...
}

dirs<-list.dirs("C:/Users/Blah/Desktop/dir2")
lapply(dirs,temp)#apply function tempt to every item in dirs

Answer 1

Вы проверили необязательные аргументы list.dirs ()? ( https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/list.files.html)

В документации сказано, что по умолчанию ответ включает в себя сам "путь", поэтому ваша функция temp сначала будет применена к каталогу, который вы указали для list.dirs(), "C:/Users/Blah/Desktop/dir2". Вы можете попробовать использовать list.dirs("C:/Users/Blah/Desktop/dir2", recursive = FALSE) (если все в порядке с тем, что вы хотите)

Answer 2

Ваш вопрос довольно сложен для понимания.

list.dirs вернет (по умолчанию) пути относительно текущего рабочего каталога.

Если вы измените рабочий каталог, относительные пути не будут действительными.

Вы можете попробовать использовать full.names = TRUE в списке list.dirs ваш temp функция возвращает рабочий каталог в исходное состояние

temp <- function(path) {
           owd <- getwd()
           on.exit(setwd(owd))
           print(path) 
           setwd(path)
         print(getwd())
    }

Еще лучшей идеей может быть, вместо того, чтобы возиться с рабочим каталогом, просто передать соответствующее имя файла xmlParse (или что бы ни делала ваша функция)

files <- list.files(pattern = '\\.xml$', recurvise = TRUE)
XML <-   lapply(files, xmlParse)