Подстановка попарной матрицы с помощью wlidcard

Question

Я хотел бы разделить часть большой попарной матрицы на меньшие матрицы. например

    TF1 TF2 TF3 TG1 TG2 TG3
TF1 0    2   1  450 460 450
TF2 2    0   1  452 462 462
TF3 1    2   0  451 461 451
TG1 450 452 450 0   2   0
TG2 460 462 462 2   0   1
TG3 450 452 451 1   2   0

Я могу задать подмножество, если введу точное имя столбца и строки "TF1" и т. Д., Но я хочу, например, все TF.

Я считаю, что это может быть grep, но я не могу положить grep в любом месте моего форума:

TF <-T_PW[c("TF1","TF2","TF3"),c("TF1","TF2","TF3")]

Это ожидаемая выходная матрица:

    TF2 TF3 TF1   
TF1 0   2   1
TF2 2   0   1
TF3 1   2   0

Это потому, что поскольку это попарно, столбцы и строки имеют имена?

Спасибо

Answer 1

grep возвращает индексы ввода, которые соответствуют регулярному выражению:

> grep('^TF', rownames(T_PW))
[1] 1 2 3

> grep('^TF', colnames(T_PW))
[1] 1 2 3

Поэтому вы можете разместить grep внутри [] подмножество rownames а также colnames матрицы:

TF = T_PW[grep('^TF', rownames(T_PW)), grep('^TF', colnames(T_PW))]

Так как rownames симметричны colnamesВы также можете сделать что-то вроде этого:

TF_names = grep('^TF', colnames(T_PW))

T_PW[TF_names, TF_names]

Результат:

    TF1 TF2 TF3
TF1   0   2   1
TF2   2   0   1
TF3   1   2   0

Данные:

T_PW = read.table(text="    TF1 TF2 TF3 TG1 TG2 TG3
TF1 0    2   1  450 460 450
                 TF2 2    0   1  452 462 462
                 TF3 1    2   0  451 461 451
                 TG1 450 452 450 0   2   0
                 TG2 460 462 462 2   0   1
                 TG3 450 452 451 1   2   0", header = TRUE, row.names=1)

T_PW = as.matrix(T_PW)