read.xlsx занимает очень много времени и тонны памяти

Question

Я пытаюсь загрузить файл.xlsx в R, который имеет один лист и имеет размер около 31 МБ.

Я запускаю следующее

options( java.parameters = "-Xmx6g" )
require(xlsx)
yt = read.xlsx("big_spreadsheet.xlsx",1)

и я ничего не получаю. Моя программа системного монитора показывает, что выделенная память медленно заполняется, а затем просто остается заполненной. Я не давал ему работать часами, но десяти минут должно быть достаточно, особенно когда я мог просто загрузить Numbers (я на Mavericks) и сохранить его как CSV-файл за это время.

Да, у меня гораздо больше, чем 6 ГБ памяти. 2 ГБ кажется недостаточно, и выдает ошибку:

Error in .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl,  : 
  java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

Я, однако, сделал ошибку, позволив rJava Пакет установки собственной версии Java. Я скачал JDK 8 по факту, но понятия не имею, как проверить, используется ли это.

Так почему же требуется (не удается) 6 ГБ ОЗУ для загрузки файла размером 31 МБ? Можно как-нибудь это исправить?

Answer 1

Я никогда не заставлял это работать. Я в последнее время использую readxlпакет для чтения из электронных таблиц Excel, который не имеет зависимости от Java и, кажется, работает нормально.

Answer 2

Да, используйте пакет readxl, поскольку для пакета xlsx требуется java, для загрузки которой требуется много времени, и больше шансов, что он вернет ошибку при чтении файла простого размера (даже 2 МБ)

Его очень просто использовать, просто написать

   read_excel("path")