Ошибка имен столбцов после запуска Summary() в смешанной модели

Question

R version 3.1.0 (2014-04-10)
lmer package version 1.1-6
lmerTest package version 2.0-6

В настоящее время я работаю с lmer и lmerTest для моего анализа. Каждый раз, когда я добавляю эффект к случайной структуре, я получаю следующую ошибку при выполнении summary():

#Fitting a mixed model: 
TRT5ToVerb.lmer3 = lmer(TRT5ToVerb ~ Group + Condition + (1+Condition|Participant) + (1|Trial), data=AllData, REML=FALSE, na.action=na.omit)
summary(TRT5ToVerb.lmer3)
 Error in `colnames<-`(`*tmp*`, value = c("Estimate", "Std. Error", "df",  : length of 'dimnames' [2] not equal to array extent

Если я оставлю структуру, как это:

TRT5ToVerb.lmer2 = lmer(TRT5ToVerb ~ Group + Condition + (1|Participant) + (1|Trial),  data=AllData, REML=FALSE, na.action=na.omit)

нет итоговых данных об ошибках (TRT5ToVerb.lmer2), возвращающих AIC, BIC, отклонение logLik, оценки случайных эффектов, оценки фиксированных эффектов и их соответствующих значений p и т. д. и т. д. и т. д.

Итак, по-видимому, что-то происходит, когда я запускаю lmerTest, несмотря на то, что объект TRT5ToVerb.lmer3 находится там. Единственное различие между ними заключается в случайной структуре: (1+ условие | участник) и (1| участник)

Некоторые характеристики моих данных:

1. И Условие, и Группа являются категориальными переменными: Условие состоит из 3 уровней, а Группа 2
2. Зависимая переменная (TRT5ToVerb) является непрерывной: она соответствует времени чтения в мс
3. Это эксперимент с повторными измерениями, с 48 наблюдениями на участника (участники =28)

Я читаю эту угрозу, но не вижу четкого решения. Неужели мне придется преобразовывать мой фрейм данных в длинный формат? И если да, то как мне работать с этим в lmer? Я надеюсь, что это не так.

Спасибо!

Отказ от ответственности: я не являюсь экспертом ни в R, ни в статистике, поэтому, пожалуйста, наберитесь терпения.

Answer 1

(Должен быть комментарий, но слишком длинный / форматирование кода и т. Д.)

Этот фальшивый пример, кажется, прекрасно работает с lmerTest 2.0-6 и версией разработки lme4 (1.1-8; но я не ожидаю, что будут какие-либо существенные отличия от 1.1-6 для этого примера...)

AllData <- expand.grid(Condition=factor(1:3),Group=factor(1:2),
                  Participant=1:28,Trial=1:8)
form <- TRT5ToVerb ~ Group + Condition + (1+Condition|Participant) + (1|Trial)
library(lme4)
set.seed(101)
AllData$TRT5ToVerb <- simulate(form[-2],
               newdata=AllData,
               family=gaussian,
               newparam=list(theta=rep(1,7),sigma=1,beta=rep(0,4)))[[1]]
library(lmerTest)
lmer3 <- lmer(form,data=AllData,REML=FALSE)
summary(lmer3)

Производит:

Linear mixed model fit by maximum likelihood  ['merModLmerTest']
Formula: TRT5ToVerb ~ Group + Condition + (1 + Condition | Participant) +  
    (1 | Trial)
   Data: AllData

     AIC      BIC   logLik deviance df.resid 
  4073.6   4136.0  -2024.8   4049.6     1332 

Scaled residuals: 
     Min       1Q   Median       3Q      Max 
-2.97773 -0.65923  0.02319  0.66454  2.98854 

Random effects:
 Groups      Name        Variance Std.Dev. Corr     
 Participant (Intercept) 0.8546   0.9245            
             Condition2  1.3596   1.1660   0.58     
             Condition3  3.3558   1.8319   0.44 0.82
 Trial       (Intercept) 0.9978   0.9989            
 Residual                0.9662   0.9829            
Number of obs: 1344, groups:  Participant, 28; Trial, 8

Fixed effects:
              Estimate Std. Error         df t value Pr(>|t|)
(Intercept)    0.49867    0.39764   12.40000   1.254    0.233
Group2         0.03002    0.05362 1252.90000   0.560    0.576
Condition2    -0.03777    0.22994   28.00000  -0.164    0.871
Condition3    -0.27796    0.35237   28.00000  -0.789    0.437

Correlation of Fixed Effects:
           (Intr) Group2 Cndtn2
Group2     -0.067              
Condition2  0.220  0.000       
Condition3  0.172  0.000  0.794