Как передать пользовательскую структуру в C с OpenMP для ускорителя?
У меня есть определенная структура, в которой у меня есть динамически распределенный массив, и мне нужно передать эту структуру с хоста на ускоритель (в моем случае это будет некоторый графический процессор nvidia) через некоторые директивы OpenMP (в C-коде),
struct
выглядит следующим образом:
struct my_grid {
double **a,
**b,
**c;
};
Инициализируется следующим образом:
initialize_my_grid( struct my_grid *my_gd,
struct grid_config grid_cfg ) {
my_gd->a = matrix_double( grid_cfg.N1.value, grid_cfg.N2.value );
my_gd->b = matrix_double( grid_cfg.N1.value, grid_cfg.N2.value );
my_gd->c = matrix_double( grid_cfg.N1.value, grid_cfg.N2.value );
}
Дополнительный struct
grid_config
содержит только некоторые скаляры, соответствующая часть выглядит следующим образом:
struct grid_config {
struct my_variable_size_t
N1, N2;
}
struct my_variable_size_t {
size_t value;
Функция выделения памяти выглядит следующим образом (без проверки на наличие ошибок NULL для удобства чтения):
double **matrix_double( size_t n_rows, size_t n_cols ) {
size_t ii;
double *arr;
// (c)allocate pointers to rows
arr = calloc( (size_t)n_rows, sizeof(double*) );
// (c)allocate rows and set pointer to cols (?)
arr[0] = calloc( (size_t)(n_rows*n_cols), sizeof(double) );
for ( ii=1 ; ii<n_rows ; ++ii )
arr[ii] = arr[ii-1] + n_cols;
}
В соответствующем цикле, который я хотел бы запустить на ускорителе (GPU), я думал, что смогу сделать что-то вроде
#pragma omp target teams distribute private(jj,kk)
for ( jj=2 ; jj<grid_cfg.N1.value-2 ; jj+=2 ) {
for ( kk=2 ; kk<grid_cfg.N2.value-2 ; kk+=2 ) {
wf_gd->a[jj ][kk ] += wf_gd->b[jj+1][kk ]; // plus additional calculations
}
}
Но это не работает, так как я получаю ошибки компилятора, такие как Unsupported OpenACC construct Deep copy -- wf_gd
при компиляции с cc
,
Прежде всего, я не понимаю, почему компилятор упоминает OpenACC, а затем мне также хотелось бы знать, возможно ли использовать такую структуру данных или мне нужно избавиться от нее для этого случая?
РЕДАКТИРОВАТЬ: я пытался скомпилировать его на машине CRAY, что важно для сообщения компилятора, но не должно играть роль для общего вопроса (как передать такую конструкцию ускорителю - если это вообще возможно). К сожалению, я могу получить доступ к этой машине сейчас, и поэтому не могу дать дополнительную информацию о версии используемого мной компилятора - но опять же, это не должно быть связано с общим вопросом (по крайней мере, в моем понимании).