Автоматически обновлять пакеты, установленные из R-forge

Question

Я недавно установил R-2.12.0 из R-2.11.1 и обновил все пакеты CRAN через:

update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

Теперь я хочу обновить все пакеты, которые я установил из R-forge, но только если они недоступны в CRAN. Другими словами, я не могу просто бежать:

update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE, repos="http://r-forge.r-project.org")

потому что это установит R-Forge версию survival пакет поверх версии, поставляемой с R-2.12.0.

Я мог бы использовать некоторую комбинацию информации из old.packages а также packageStatus чтобы определить, какие пакеты существуют только в R-forge, но я хотел спросить, есть ли более простой способ, прежде чем создавать собственное решение.

Answer 1

Как насчет этого:

# 1. Get the list of packages you have installed, 
#    use priority to exclude base and recommended packages.
#    that may have been distributed with R.
pkgList <- installed.packages(priority='NA')[,'Package']

# 2. Find out which packages are on CRAN and R-Forge.  Because
#    of R-Forge build capacity is currently limiting the number of
#    binaries available, it is queried for source packages only.
CRANpkgs <- available.packages(
  contriburl=contrib.url('http://cran.r-project.org'))[,'Package']
forgePkgs <- available.packages(
  contriburl=contrib.url('http://r-forge.r-project.org', type='source')
)[,'Package']

# 3. Calculate the set of packages which are installed on your machine,
#    not on CRAN but also present on R-Force.
pkgsToUp <- intersect(setdiff(pkgList, CRANpkgs), forgePkgs)

# 4. Update the packages, using oldPkgs to restrict the list considered.
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE,
  repos="http://r-forge.r-project.org",
  oldPkgs=pkgsToUp)

# 5. Profit?