Как установить пакеты R на сервер DeployR, работающий в Linux (размещенный на Amazon EC2)?

Question

Я успешно установил DeployR в Redhat Linux, который размещается на экземпляре Amazon EC2. Я могу успешно перейти на целевую страницу DeployR и проверить вкладку диагностики, где указано, что DeployR запущен и выглядит нормально.

Я протестировал простой R-скрипт и прекрасно работает на DeployR, но теперь мне нужно установить пакет RJDBC: install.packages("RJDBC",dep=TRUE)

Документация не ясна для управления пакетами: https://deployr.revolutionanalytics.com/documents/admin/r-package-mgmt/

В нем говорится: "Запустите этот скрипт R вручную на узле сетки DeployR". Но не уверен, как запустить скрипт на узле сетки. Как мне получить доступ к узлу сетки?

В общем, нужно руководство по установке пакетов для DeployR.

Answer 1

Если у вас есть только один сервер для вашей установки DeployR, то "узел сетки" означает этот ваш сервер - просто зайдите туда через SSH (или любым другим способом, который позволяет вам получить доступ к содержимому DeployR) и выполните необходимые действия.

Наиболее типичная проблема с DeployR в Linux - это наличие пакетов разработки (которые имеют -devel суффиксы), которые необходимы для компиляции и сборки пакетов R, которые DeployR получает из репозитория CRAN в качестве исходного кода (это основное отличие от Windows и Mac OSX, которые имеют предварительно скомпилированные двоичные пакеты).

Самый простой способ - посмотреть журнал RServe (например, <deployr_home>/deployr/8.0.0/rserve/R/log) найдите там сообщения об ошибках о недоступности какой-либо библиотеки (-ies) (например, x или же curl или что-то еще), затем установите необходимые RPM для разработки (yum install xz-devel или же yum install libcurl-devel для моего примера).

Иногда бывает сложно найти нужное имя пакета из сообщения об ошибке. Для этого вы можете использовать разные способы, например, yum search введите команду в дистрибутивах RedHat или на сайте http://rpm.pbone.net/ чтобы найти имя пакета, если вы знаете какое-то имя файла, которое должно ему принадлежать: например, если в сообщении об ошибке указано curl-config: command not found тогда вы можете искать curl-config файл в rpm.pbone.net и получить подсказку, что такое имя соответствующего пакета.

Вот список некоторых наиболее часто используемых пакетов разработки для DeployR, которые я использую в Amazon Linux AMI:

• PCRE-разви
• XZ-разви
• bzip2-разви
• Zlib-разви
• libicu-разви
• libstdC++- разви
• Libcurl-разви
• libxml2-разви

Поскольку Amazon Linux основан на дистрибутиве RedHat, эти имена пакетов должны вам подойти.