Слишком глубокий объект для требуемого массива - scipy.integrate.odeint

Я только что начал с Python вчера, и я получаю сообщение об ошибке, используя scipy.integrate.odeint,

Я определил функцию

def SIR(x, t, beta, gamma, mu, M):

который принимает numpy.array объекты x, t, а также M; и скаляр плавает beta, gamma, а также mu,

M является (60,60) по размеру, но я не думаю, что это имеет значение.

x а также t оба не единственные, с x.shape являющийся (180,) а также t.shape являющийся (5000,), Я попытался дать им одноэлементное измерение, чтобы они имели форму (180,1) а также (5000,1) соответственно, но я все равно получаю ту же ошибку:

In [1]: run measles_age.py
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/utils/py3compat.py in execfile(fname, *where)
    173             else:
    174                 filename = fname
--> 175             __builtin__.execfile(filename, *where)

/Users/qcaudron/Documents/SIR/measles_age.py in <module>()
    111 
    112 
--> 113         x = integrate.odeint(SIR, x0, t, args=(beta, gamma, mu, M));
    114 
    115 #       plot(t, x);


/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/scipy/integrate/odepack.py in odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, full_output, ml, mu, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin, ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords, printmessg)
    141     output = _odepack.odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, ml, mu,
    142                              full_output, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin,
--> 143                              ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords)
    144     if output[-1] < 0:
    145         print _msgs[output[-1]]

Я получаю эту ошибку, даже когда SIR просто возвращается xи если я откажусь от всех аргументов, кроме x а также t от него:

def SIR(x, t):
    return x;

Как видите, строка, вызывающая ошибку

x = integrate.odeint(SIR, x0, t, args=(beta, gamma, mu, M));

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Меня попросили добавить полный код для SIR метод. Поскольку он относительно длинный, я поместил полный скрипт.py в каталог для вставки: http://pastebin.com/RphJbCHN

Еще раз спасибо.

Источник

2 ответа

Решение

Я могу воспроизвести вашу ошибку несколькими способами.

Ошибка возникает немедленно, если либо y0 аргумент или t аргумент odeint не является одномерным массивом. В примере кода, размещенном на pastebin (указан в комментарии), t изменен так:

t = np.arange(0, 520, 1);
t = t.reshape(len(t),1);

Удалить строку, которая изменяет t, t должен быть одномерным массивом, а не двумерным массивом с формой (len (t), 1).

Например...

In [177]: def SIR(x, t):
   .....:     return x
   .....:

Это работает...

In [178]: x0 = [0.1, 0.2]

In [179]: odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])
Out[179]: 
array([[ 0.1       ,  0.2       ],
       [ 0.16487213,  0.32974426],
       [ 0.27182822,  0.54365643]])

Это приводит к ошибке:

In [180]: x0 = [[0.1, 0.2]]  # wrong shape

In [181]: odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-181-a37878f92395> in <module>()
----> 1 odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])

/home/warren/anaconda/lib/python2.7/site-packages/scipy/integrate/odepack.pyc in odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, full_output, ml, mu, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin, ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords, printmessg)
    142     output = _odepack.odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, ml, mu,
    143                              full_output, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin,
--> 144                              ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords)
    145     if output[-1] < 0:
    146         print _msgs[output[-1]]

ValueError: object too deep for desired array

Проверьте, что начальное условие, которое вы даете odeint (второй аргумент) - это массив 1-D numpy (не массив 2-D с формой (1, 180) или (180, 1)).

Я также получаю ошибку "объект слишком глубокий...", если SIR возвращает массив неправильной формы. Он должен возвращать одномерный массив, имеющий ту же форму, что и его первый аргумент. Убедитесь, что это действительно 1-D, а не 2-D с формой (1, 180) или (180, 1).

Источник

Из учебника это выглядит как первый аргумент integrate.odeint() должна быть функция для работы (в вашем случае) x0 а также t, Так как ваш SIR() Функция принимает только один аргумент, операция не выполняется. Возможно, что размер и / или форма результатов, возвращаемых из SIR() важны по отношению к остальным аргументам.

Источник
Другие вопросы по тегам