dcast не сохраняет тип переменной как символ, ошибка в vapply, когда переменная NA
При попытке изменить данные с помощью resphape2::dcast Я обнаружил ошибку, связанную с NA записей. Пример данных в конце.
Данные изменяются от длинных к широким, но иногда некоторые параметры имеют все NA записи, которые, кажется, вызывают проблему. Или, по крайней мере, я так думаю. Если я удалю какой-либо параметр, как этот, Ammonia в этом примере ошибка исчезает.
В отладке dcast Кажется, это связано с этой строкой:
ordered <- vaggregate(.value = value, .group = overall,
.fun = fun.aggregate, ..., .default = fill, .n = n)
что приводит к ошибке:
Error in vapply(indices, fun, .default) :
values must be type 'character',
but FUN(X[[1]]) result is type 'integer'
Видя, что NA переменная является первой в строке, я думал, aggregate Функция по умолчанию может быть целым числом, даже если весь столбец character, но перемещение этих строк не решило проблему. Единственный способ найти решение - это использовать na.omit, который полностью удаляет этот параметр. Мой ожидаемый результат сохранит любые параметры со всеми NA если возможно. Вторая причина этого заключается в том, что если день / глубина не отбирается, его следует сохранить, и эти записи должны быть ns (без выборки). Есть ли способ, которым я могу решить эту ошибку, не удаляя все NA параметры, которые будут изменены?
Воспроизводимый пример (данные ниже dcast код):
library(reshape2)
dcast(df, station + date + depth ~ parmcode, value.var = "value_qualif", fill="ns")
dcast(na.omit(df), station + date + depth ~ parmcode,
value.var = "value_qualif", fill="ns") # solves error, but removes parameter completely
Пример данных:
df <- structure(list(station = c("A", "A", "A", "A", "A", "A", "A",
"A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A",
"A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A",
"A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A",
"A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A",
"A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A"), date = c("7/2/2018",
"7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018",
"7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018",
"7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018",
"7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018",
"7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/2/2018", "7/1/2018",
"7/1/2018", "7/1/2018", "7/1/2018", "7/1/2018", "7/1/2018", "7/1/2018",
"7/1/2018", "7/1/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018",
"7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018",
"7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018",
"7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018",
"7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018", "7/9/2018",
"7/9/2018", "7/9/2018"), depth = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L,
18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 1L, 1L, 1L,
12L, 12L, 12L, 18L, 18L, 18L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 12L, 18L,
18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L), parmcode = c("CDOM",
"DENSITY", "DO", "ENTERO", "PH", "TOTAL", "XMS", "TEMP", "SAL",
"FECAL", "TOTAL", "FECAL", "ENTERO", "CDOM", "XMS", "TEMP", "SAL",
"PH", "DO", "DENSITY", "DO", "DENSITY", "TOTAL", "FECAL", "PH",
"CDOM", "XMS", "TEMP", "SAL", "ENTERO", "AMMONIA AS N", "AMMONIA AS N",
"AMMONIA AS N", "AMMONIA AS N", "AMMONIA AS N", "AMMONIA AS N",
"AMMONIA AS N", "AMMONIA AS N", "AMMONIA AS N", "TOTAL", "XMS",
"TEMP", "SAL", "PH", "DO", "DENSITY", "CDOM", "FECAL", "ENTERO",
"CDOM", "FECAL", "ENTERO", "PH", "DO", "TEMP", "XMS", "TOTAL",
"DENSITY", "SAL", "TOTAL", "FECAL", "ENTERO", "XMS", "TEMP",
"SAL", "PH", "DO", "DENSITY", "CDOM"), value_qualif = c(NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, "<2", "<2", "<2", "1.3", "69.67",
"16.6", "33.7", "8.1", "7.6", "24.622", "5.5", "25.279", "<2",
"<2", "7.8", "1.38", "72.96", "13.2", "33.61", "<2", NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, "<2", "77.82", "20.8", "33.72", "8.2",
"8.8", "23.58", "1.01", "<2", "<2", "1.78", "<2", "<2", "8",
"6.5", "13.5", "67.19", "2e", "25.197", "33.58", "2e", "2e",
"<2", "75.53", "12.9", "33.61", "7.9", "5.5", "25.34", "1.77"
)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -69L))
Некоторые вопросы, связанные с тангенциальной связью, которые не отвечают на мой вопрос: значения POSIXct становятся числовыми в rescast2 dcast и Ошибка с пользовательской статистической функцией для вызова cast() в R reshape2
С использованием na.omit мой вывод:
station date depth CDOM DENSITY DO ENTERO FECAL PH SAL TEMP TOTAL XMS
1 A 7/2/2018 12 1.3 24.622 7.6 <2 <2 8.1 33.7 16.6 <2 69.67
2 A 7/2/2018 18 1.38 25.279 5.5 <2 <2 7.8 33.61 13.2 <2 72.96
3 A 7/9/2018 1 1.01 23.58 8.8 <2 <2 8.2 33.72 20.8 <2 77.82
4 A 7/9/2018 12 1.78 25.197 6.5 <2 <2 8 33.58 13.5 2e 67.19
5 A 7/9/2018 18 1.77 25.34 5.5 <2 2e 7.9 33.61 12.9 2e 75.53
Ожидаемый результат без использования na.omit является:
station date depth AMMONIA CDOM DENSITY DO ENTERO FECAL PH SAL TEMP TOTAL XMS
1 A 7/2/2018 1 ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns
2 A 7/2/2018 12 ns 1.3 24.622 7.6 <2 <2 8.1 33.7 16.6 <2 69.67
3 A 7/2/2018 18 ns 1.38 25.279 5.5 <2 <2 7.8 33.61 13.2 <2 72.96
4 A 7/9/2018 1 ns 1.01 23.58 8.8 <2 <2 8.2 33.72 20.8 <2 77.82
5 A 7/9/2018 12 ns 1.78 25.197 6.5 <2 <2 8 33.58 13.5 2e 67.19
6 A 7/9/2018 18 ns 1.77 25.34 5.5 <2 2e 7.9 33.61 12.9 2e 75.53
1 ответ
Фактическая проблема заключается в том, что все параметры имеют только одно значение для каждой тройки (станция, дата, глубина), за исключением AMMONIA AS N, который имеет три NA записей.
Например,
dcast(df, station + date + depth ~ parmcode, value.var = "value_qualif")
# Aggregation function missing: defaulting to length
# station date depth AMMONIA AS N CDOM DENSITY DO ENTERO FECAL PH SAL TEMP TOTAL XMS
# 1 A 7/1/2018 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
# 2 A 7/1/2018 12 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
# 3 A 7/1/2018 18 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
# 4 A 7/2/2018 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
# 5 A 7/2/2018 12 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
# 6 A 7/2/2018 18 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
# 7 A 7/9/2018 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
# 8 A 7/9/2018 12 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
# 9 A 7/9/2018 18 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Как только мы удалим дублирующиеся строки, все будет работать гладко
dcast(df[!duplicated(df), ], station + date + depth ~ parmcode, value.var = "value_qualif")
# station date depth AMMONIA AS N CDOM DENSITY DO ENTERO FECAL PH SAL TEMP TOTAL XMS
# 1 A 7/1/2018 1 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
# 2 A 7/1/2018 12 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
# 3 A 7/1/2018 18 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
# 4 A 7/2/2018 1 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
# 5 A 7/2/2018 12 <NA> 1.3 24.622 7.6 <2 <2 8.1 33.7 16.6 <2 69.67
# 6 A 7/2/2018 18 <NA> 1.38 25.279 5.5 <2 <2 7.8 33.61 13.2 <2 72.96
# 7 A 7/9/2018 1 <NA> 1.01 23.58 8.8 <2 <2 8.2 33.72 20.8 <2 77.82
# 8 A 7/9/2018 12 <NA> 1.78 25.197 6.5 <2 <2 8 33.58 13.5 2e 67.19
# 9 A 7/9/2018 18 <NA> 1.77 25.34 5.5 <2 2e 7.9 33.61 12.9 2e 75.53
dcast(df[!duplicated(df), ], station + date + depth ~ parmcode, value.var = "value_qualif", fill = "ns")
# station date depth AMMONIA AS N CDOM DENSITY DO ENTERO FECAL PH SAL TEMP TOTAL XMS
# 1 A 7/1/2018 1 ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns
# 2 A 7/1/2018 12 ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns
# 3 A 7/1/2018 18 ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns
# 4 A 7/2/2018 1 ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns ns
# 5 A 7/2/2018 12 ns 1.3 24.622 7.6 <2 <2 8.1 33.7 16.6 <2 69.67
# 6 A 7/2/2018 18 ns 1.38 25.279 5.5 <2 <2 7.8 33.61 13.2 <2 72.96
# 7 A 7/9/2018 1 ns 1.01 23.58 8.8 <2 <2 8.2 33.72 20.8 <2 77.82
# 8 A 7/9/2018 12 ns 1.78 25.197 6.5 <2 <2 8 33.58 13.5 2e 67.19
# 9 A 7/9/2018 18 ns 1.77 25.34 5.5 <2 2e 7.9 33.61 12.9 2e 75.53
В качестве альтернативы, вы можете запустить
dcast(df, station + date + depth ~ parmcode, value.var = "value_qualif",
fill = NA_character_, fun.aggregate = head, n = 1)
# station date depth AMMONIA AS N CDOM DENSITY DO ENTERO FECAL PH SAL TEMP TOTAL XMS
# 1 A 7/1/2018 1 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
# 2 A 7/1/2018 12 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
# 3 A 7/1/2018 18 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
# 4 A 7/2/2018 1 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
# 5 A 7/2/2018 12 <NA> 1.3 24.622 7.6 <2 <2 8.1 33.7 16.6 <2 69.67
# 6 A 7/2/2018 18 <NA> 1.38 25.279 5.5 <2 <2 7.8 33.61 13.2 <2 72.96
# 7 A 7/9/2018 1 <NA> 1.01 23.58 8.8 <2 <2 8.2 33.72 20.8 <2 77.82
# 8 A 7/9/2018 12 <NA> 1.78 25.197 6.5 <2 <2 8 33.58 13.5 2e 67.19
# 9 A 7/9/2018 18 <NA> 1.77 25.34 5.5 <2 2e 7.9 33.61 12.9 2e 75.53
Смотрите этот ответ относительно NA_character_,