Как установить подмножество данных с предварительным сопоставлением строк

У меня есть следующий фрейм данных, из которого я хотел бы извлечь строки на основе соответствующих строк.

> GEMA_EO5
gene_symbol  fold_EO  p_value                           RefSeq_ID      BH_p_value
       KNG1 3.433049 8.56e-28              NM_000893,NM_001102416    1.234245e-24
      REXO4 3.245317 1.78e-27                           NM_020385    2.281367e-24
      VPS29 3.827665 2.22e-25                 NM_057180,NM_016226    2.560770e-22
    CYP51A1 3.363149 5.95e-25              NM_000786,NM_001146152    6.239386e-22
      TNPO2 4.707600 1.60e-23 NM_001136195,NM_001136196,NM_013433    1.538000e-20
      NSDHL 2.703922 6.74e-23              NM_001129765,NM_015922    5.980454e-20
     DPYSL2 5.097382 1.29e-22                           NM_001386    1.062868e-19

Поэтому я хотел бы извлечь, например, две строки на основе совпадающих строк в $RefSeq_ID, который прекрасно работает со следующими:

> list<-c("NM_001386", "NM_020385")
> GEMA_EO6<-subset(GEMA_EO5, GEMA_EO5$RefSeq_ID %in% list, drop = TRUE)

> GEMA_EO6

gene_symbol  fold_EO  p_value RefSeq_ID    BH_p_value
      REXO4 3.245317 1.78e-27 NM_020385  2.281367e-24
     DPYSL2 5.097382 1.29e-22 NM_001386  1.062868e-19

Но некоторые строки имеют несколько RefSeq_ID, разделенных запятыми, поэтому я ищу общий способ определения, содержит ли $ RefSeq_ID определенный строковый шаблон, а затем подмножество этой строки.

Источник

2 ответа

Решение

Для частичного сопоставления вам нужно использовать регулярные выражения (см. ?grepl). Вот решение вашей конкретной проблемы:

##Notice that the first element appears in 
##a row containing commas
l = c( "NM_013433", "NM_001386", "NM_020385")

Чтобы проверить одну последовательность за раз, мы просто выбираем определенный идентификатор seq:

R> subset(GEMA_EO5, grepl(l[1], GEMA_EO5$RefSeq_ID))
  gene_symbol fold_EO p_value                           RefSeq_ID BH_p_value
5       TNPO2   4.708 1.6e-23 NM_001136195,NM_001136196,NM_013433  1.538e-20

Чтобы проверить наличие нескольких генов, мы используем | оператор:

R> paste(l, collapse="|")
[1] "NM_013433|NM_001386|NM_020385"
R> grepl(paste(l, collapse="|"),GEMA_EO5$RefSeq_ID)
[1] FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE  TRUE

Так

subset(GEMA_EO5, grepl(paste(l, collapse="|"),GEMA_EO5$RefSeq_ID))

должен дать вам то, что вы хотите.

Источник

Другой подход заключается в распознавании повторяющихся записей в RefSeq_ID как попытка представить две таблицы базы данных в одном фрейме данных. Так что если исходная таблица csvзатем нормализуйте данные в две таблицы

Anno <- cbind(key = seq_len(nrow(csv)), csv[,names(csv) != "RefSeq_ID"])
key0 <- strsplit(csv$RefSeq_ID, ",")
RefSeq <- data.frame(key = rep(seq_along(key0), sapply(key0, length)),
                     ID = unlist(key0))

и признать, что запрос subset (выберите) на RefSeq стол, за которым следует merge (присоединиться) с Анно

l <- c( "NM_013433", "NM_001386", "NM_020385")
merge(Anno, subset(RefSeq, ID %in% l))[, -1]

ведущий к

> merge(Anno, subset(RefSeq, ID %in% l))[, -1]
  gene_symbol  fold_EO  p_value   BH_p_value        ID
1       REXO4 3.245317 1.78e-27 2.281367e-24 NM_020385
2       TNPO2 4.707600 1.60e-23 1.538000e-20 NM_013433
3      DPYSL2 5.097382 1.29e-22 1.062868e-19 NM_001386

Возможно, цель состоит в том, чтобы объединиться с таблицей "Master", а затем

Master <- cbind(key = seq_len(nrow(csv)), csv)
merge(Master, subset(RefSeq, ID %in% l))[,-1]

или похожие.

Источник
Другие вопросы по тегам