Свести вложенный список списков с переменным количеством элементов во фрейм данных

У меня есть вложенный список списков, которые я хотел бы объединить в массив данных с переменными идентификатора, чтобы я знал, из каких элементов списка (и элементов подсписка) пришел каждый.

> str(gc_all)
List of 3
$ 1: num [1:102, 1:2] -74 -73.5 -73 -72.5 -71.9 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : chr [1:2] "lon" "lat"
$ 2: num [1:102, 1:2] -74 -73.3 -72.5 -71.8 -71 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : chr [1:2] "lon" "lat"
$ 3:List of 2
..$ : num [1:37, 1:2] -74 -74.4 -74.8 -75.3 -75.8 ...
.. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. .. ..$ : NULL
.. .. ..$ : chr [1:2] "lon" "lat"
..$ : num [1:65, 1:2] 180 169 163 158 154 ...
.. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. .. ..$ : NULL
.. .. ..$ : chr [1:2] "lon" "lat"

Я использовал plyr::ldply(mylist, rbind) для сглаживания списков ранее, но я, кажется, сталкиваюсь с проблемой из-за переменных длин списков: некоторые элементы списка содержат только один кадр данных, в то время как другие содержат список из двух кадров данных.

Я нашел неуклюжее решение, используя два lapplyс и ifelse вот так:

# sample latitude-longitude data
df <- data.frame(source_lat = rep(40.7128, 3),
                 source_lon = rep(-74.0059, 3),
                 dest_lat = c(55.7982, 41.0082, -7.2575),
                 dest_lon = c(37.968, 28.9784, 112.7521),
                 id = 1:3)

# split into list
gc_list <- split(df, df$id)

# get great circles between lat-lon for each id; multiple list elements are outputted when the great circle crosses the dateline
gc_all <- lapply(gc_list, function(x) {
  geosphere::gcIntermediate(x[, c("source_lon", "source_lat")],
                 x[, c("dest_lon", "dest_lat")],
                 n = 100, addStartEnd=TRUE, breakAtDateLine=TRUE)
})

gc_fortified <- lapply(1:length(gc_all), function(i) {
  if(class(gc_all[[i]]) == "list") {
    lapply(1:length(gc_all[[i]]), function(j) {
      data.frame(gc_all[[i]][[j]], id = i, section = j)
    }) %>%
      plyr::rbind.fill()
  } else {
    data.frame(gc_all[[i]], id = i, section = 1)
  }
}) %>%
  plyr::rbind.fill()

Но я чувствую, что должно быть более элегантное решение, которое работает как одна строка, например dput, data.table?

Вот как я ожидаю, что результат будет выглядеть так:

> gc_fortified %>% 
    group_by(id, section) %>%
    slice(1)

lon      lat    id section
<dbl>    <dbl> <int>   <dbl>
1 -74.0059 40.71280     1       1
2 -74.0059 40.71280     2       1
3 -74.0059 40.71280     3       1
4 180.0000 79.70115     3       2
Источник

3 ответа

Решение

Сначала необходимо переработать структуру списка, чтобы он стал обычным списком, затем мы применяем map_dfr два раза, используя .id параметр.

library(purrr)
gc_all_df  <- map(map_if(gc_all,~class(.x)=="matrix",list),~map(.x,as.data.frame))
map_dfr(gc_all_df,~map_dfr(.x,identity,.id="id2"),identity,.id="id1")
Источник

Я думаю, что я предпочитаю рекурсивное решение, уже показанное, но это одно утверждение вида do.call("rbind", ...) по запросу, если вы замените L а также add_n_s в последнюю строку. Я держал их отдельно здесь только для ясности.

Я оставил результат в виде матрицы, так как результат полностью числовой, и я подозреваю, что вы предпочитаете не кадры данных, а rbind.fill работает на них, и это было то, что вы использовали. замещать cbind в add_n_s функция с data.frame если вы предпочитаете результат фрейма данных.

Пакеты не используются, и решение не использует индексацию.

Вот gc_all превращается в L это то же самое, за исключением того, что это список списков, а не список сочетаний матриц и списков. add_n_s принимает элемент L и добавляет n а также s столбцы к нему. Наконец мы на карте add_n_s через L и сгладить.

Обратите внимание, что если вход был список списков в первую очередь, то L будет равно gc_all и первая строка не была бы нужна.

L <- lapply(gc_all, function(x) if (is.list(x)) x else list(x))

add_n_s <- function(x, n) Map(cbind, x, n = n, s = seq_along(x))
do.call("rbind", do.call("c", Map(add_n_s, L, seq_along(gc_all))))

Обновление исправлено.

Источник

Я не могу предложить однострочник, но вы также можете рассмотреть рекурсию здесь

flat <- function(l, s = NULL) {
  lapply(1:length(l), function(i) {
    if (is.list(l[[i]])) {
      do.call(rbind, flat(l[[i]], i))
    } else {
      cbind(l[[i]], id = if (is.null(s)) i else s, section = if (is.null(s)) 1 else i)
    }
  })
}

a <- do.call(rbind, flat(gc_all))
all.equal(data.frame(a), gc_fortified)

[1] TRUE
Источник
Другие вопросы по тегам