Несоответствия между координатами tkplot.coords и plot() на графиках iGraph

Question

Я делаю сетевой сюжет в R, используя iGraph. Сначала я строю его, используя tkplot(), чтобы я мог вручную изменить положение некоторых узлов. Затем я фиксирую новые координаты, а затем вставляю их в функцию графика, чтобы построить график вместе с дополнительными корректировками (изменяя непрозрачность узлов).

Проблема в том, что даже при использовании координат tkplot.coords второй график не похож на tkplot. Вместо этого некоторые из наконечников стрелок появляются в середине края, а не в конце, и узлы плотно сгруппированы и перекрываются, даже если это не так с tkplot. Любые предложения о том, как я могу заставить функцию plot () точно имитировать график, созданный с помощью tkplot()?

Я использую R Studio, поэтому мне интересно, есть ли проблема конверсии с этим.

Мой упрощенный код выглядит следующим образом:

    Net1 <- graph.data.frame(myedgedata, vertices=nodeslist, directed=TRUE)
    g <- graph.adjacency(get.adjacency(Net1), weighted = TRUE)
    E(g)$weight <- E(g)$weight+1
    tkplot(g)
    coords <- tkplot.getcoords(1)
    plot(g, edge.width=E(g)$weight, vertex.color = adjustcolor(nodeslist$colors, alpha=.5), layout=coords)