ggplot2 горизонтальная полоса с градиентной заливкой

Question

Я пытаюсь создать горизонтальную линейчатую диаграмму и хотел бы заполнить отдельную полосу в соответствии с их значениями логарифмического сгиба: белый для самого низкого значения и самый темный для самого высокого значения. Однако я не в состоянии это сделать. Вот моя работа, может кто-нибудь помочь мне это исправить?

df <- data.frame(LogFold = c(14.20, 14.00, 8.13, 5.3, 3.8, 4.9, 1.3, 13.3, 14.7, 12.2),
              Tissue = c("liver", "adrenal", "kidney", "heart", "limb", "adipose", "brown", "hypothalamus", "arcuate", "lung"))
df1<-df%>%
arrange(desc(LogFold))

ggplot(data=df1, aes(x=Tissue, y=LogFold, fill = Tissue)) +
geom_bar(stat="identity")+
scale_colour_gradient2()+
coord_flip()+
ylim(0, 15)+
scale_x_discrete(limits = df1$Tissue)+
theme_classic()

Заранее спасибо!

Answer 1

Вот что вам нужно подумать:

• сортировка значений фрейма данных не имеет значения для ggplot
• в вашем коде вы отображаете цвет заливки в Tissue, а не в LogFold
• новее geom_col меньше печатать, чем geom_bar(stat = ...)
• пределы вашей шкалы не нужны, так как вы указываете все значения для ткани
• если вы хотите заполнить с использованием градиента scale_fill_gradient2()
• заливка = белый не будет виден на белом фоне theme_classic

Таким образом, вы можете попробовать что-то вроде этого:

library(tidyverse)
df1 %>% 
  ggplot(aes(reorder(Tissue, LogFold), LogFold)) + 
  geom_col(aes(fill = LogFold)) + 
  scale_fill_gradient2(low = "white", 
                       high = "blue", 
                       midpoint = median(df1$LogFold)) + 
  coord_flip() + 
  labs(x = "Tissue")

Но я не знаю, что цветовой градиент действительно добавляет что-то в плане интерпретации информации. Итак, вот результат без него, вы будете судьей:

df1 %>% 
  ggplot(aes(reorder(Tissue, LogFold), LogFold)) + 
    geom_col() + 
    coord_flip() + 
    labs(x = "Tissue") + 
    theme_classic()

Answer 2

Надеюсь, что это работает.

ggplot(data=df1, aes(x=Tissue, y=LogFold, fill = LogFold)) +
        geom_bar(stat="identity",color="black")+
        scale_fill_gradient(low="white",high="darkred")+
        coord_flip()+
        ylim(0, 15)+
        scale_x_discrete(limits = df1$Tissue)+
        theme_classic()