Добавьте тестовое P-значение Спирмена в ggplot, используя stat_fit_glance

Question

Я хотел бы добавить p.value корреляционного теста Спирмена на моем ggplot.

У меня есть фрейм данных, Global.log.CD8. Плотность:

head(Global.log.CD8.Density)
  ID     Global.log.CD8.Density   Signature     Weight
IM_186         0.124566              s1       0.56427854
IM_152         5.041160              s1       0.28232970
IM_172         1.385508              s1       0.20986138
IM_148         6.067057              s1       0.42067503
IM_146         2.278153              s1       0.23883911
IM_174         5.481756              s1       0.05284056

Есть 7 Signatures, s1-s7, для каждого ID с разными Weight ценности. Я создал грани точечной диаграммы, чтобы показать корреляцию между Global.log.CD8.Density а также Weight для каждого Signatureи отобразил значение p.value, используя следующий код:

ggplot(Global.log.CD8.Density, 
mapping = aes(x=Weight, y=Global.log.CD8.Density))+ 
geom_point(aes(colour=Signature))+
facet_wrap(~Signature, nrow = 2)+
geom_smooth(method = "lm", se = F) +
   stat_fit_glance(method = 'lm',
                   method.args = list(formula = y~x),
                   geom = 'text',
                   aes(label = paste( "italic (p)== ", signif(..p.value.., digits = 4))),
                       label.x.npc = "right", label.y.npc = 0.10,
                       size = 3, parse=TRUE)

Это вставляет p-значение корреляции Пирсона. Я хотел бы знать, есть ли способ изменить код для отображения корреляции Спирмена вместо этого. Я знаю, что вы можете сделать следующий код, чтобы получить результат:

Global.CD8.spearman <- Global.log.CD8.Density %>% 
 group_by(Signature) %>% 
 do(tidy(cor.test(.$Weight, .$Global.log.CD8.Density, method='spearman')))

ggplot(Global.log.CD8.Density, aes(Weight,Global.log.CD8.Density))+
  geom_point(aes(colour=Signature))+
  facet_wrap(~Signature, nrow = 2)+
  geom_smooth(method = "lm", se = F) +
  geom_text (data=Global.CD8.spearman, 
         aes(0.55,0.55,label = ifelse(p.value>0.05,paste( "italic (p)== ", 
                                             signif(p.value, digits = 2)),"italic (p)<0.05")),
                       size = 3, parse=TRUE)

но мне было интересно, если есть способ изменить stat_fit_glance или любой другой ggpmisc инструмент, чтобы получить этот результат.

Большое спасибо

Answer 1

Благодарим за сообщение об этой проблеме! Я создал проблему и постараюсь решить ее до следующего выпуска ggpmisc. Проблема в том, что я думаю, непонимание того, какие ценности stat_fit_glance() возвращается. Столбцы названы как возвращенные broom:glance(), Я добавил пример в версию ggpmisc для разработки, которая будет представлена ​​в CRAN как версия 0.3.0.