Ошибка: protect(): переполнение стека защиты при записи файла с помощью dbWriteTable (RSQLite)

Я пытаюсь записать data.frame с 285 476 строками и 17 столбцами в базу данных SQlite, используя dbWriteTable из пакета RSQLite. Я получаю следующую ошибку:

Error: evaluation nested too deeply: infinite recursion /    options(expressions=)?

Затем я увеличил лимит

options(expressions = 500000)

и попробовал еще раз, только чтобы получить похожую ошибку:

Error: protect(): protection stack overflow

Запись в текстовый файл не вызывает проблем и создает файл размером ~50 МБ.

Любая подсказка, что происходит?

Источник

1 ответ

При подготовке отчета об ошибке я обнаружил, что вышеуказанная проблема вызвана загрузкой пакета 'rworldmap' (1.3-6) вместе с пакетом 'RSQlite' (1.0.0) в R 3.3.0 (при работе в Windows: 7 x64 (сборка 7601) с пакетом обновления 1; x86_64-w64-mingw32/x64 (64-разрядная версия)). Загрузка SQLite работает до тех пор, пока rworldmap не загружен или в предыдущих версиях R (3.1.1; rworldmap 1.3-6; RSQLite 0.11.4).

Увидеть ниже:

R 3.3.0 RSQLite ошибка / конфликт с rworldmap

require(RSQLite) # load package
require(rworldmap)

# created dataframe
    my.df <- data.frame(col1 = 1:500000,
                col2 = as.character("blah"),
                col3 = as.character("blahblahblah"),
                col4 = as.character("2016-08-10 12:47:07"), 
                col5 = as.character("2016-08-10 12:47:07"), 
                col6 = as.character("2016-08-10 12:47:07"), 
                col7 = as.character("2016-08-10 12:47:07"), 
                col8 = as.character("2016-08-10 12:47:07"), 
                col9 = as.character("2016-08-10 12:47:07"), 
                col10 = as.character("2016-08-10 12:47:07"), 
                col11 = as.character("2016-08-10 12:47:07"), 
                col12 = 1,col13 = 1,col14 = 1,col15 = 1,col16 = 1,col17 = 1,col18 = 1
                )

# connect and upload to SQLite database 
        db=paste("test.sqlite",sep="")

        conLite = dbConnect(dbDriver("SQLite"),dbname = db)
        dbGetQuery(conLite,paste( "DROP TABLE IF EXISTS test"))
        dbWriteTable(conn=conLite, name = 'test', value = my.df, row.names = FALSE) 
        # R 3.3.0 gives: Error: evaluation nested too deeply: infinite recursion / options(expressions=)?
        dbDisconnect(conLite)

sessionInfo () для R версии 3.3.0

R version 3.3.0 (2016-05-03)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] rworldmap_1.3-6 sp_1.2-3        RSQLite_1.0.0   DBI_0.4-1      

loaded via a namespace (and not attached):
[1] foreign_0.8-66  fields_8.4-1    maps_3.1.0      maptools_0.8-39
[5] grid_3.3.0      spam_1.3-0      lattice_0.20-33

sessionInfo () для R версии 3.1.1

R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] rworldmap_1.3-6 sp_1.0-15       RSQLite_0.11.4  DBI_0.3.1      

loaded via a namespace (and not attached):
[1] fields_8.3-6    foreign_0.8-61  grid_3.1.1      lattice_0.20-29
[5] maps_2.3-9      maptools_0.8-30 spam_1.3-0
Источник
Другие вопросы по тегам