Ошибка roxygen2: ошибка в начале блока roxygen... @data - неизвестный ключ

Question

После недавнего обновления до R 3.1.1, то, что раньше давало мне предупреждение со старой версией R, теперь выдает эту ошибку при использовании devtools::document в RStudio (Ctrl + Shift + D):

==> devtools::document(roclets=c('rd', 'collate', 'namespace'))

Updating spectrometry documentation
Loading spectrometry
First time using roxygen2 4.0. Upgrading automatically...
Error: Failure in roxygen block beginning sphereLeafReflectance.R:1
@data is an unknown key
Execution halted

Exited with status 1.

Я погуглил и прочитал документацию для roxygen2, но не нашел решения своей проблемы. @data - это слот из класса во внешнем пакете ("hyperSpec"), от которого наследуются классы в моем пакете. Вот файл psr3500Spec.R, определяющий мой класс:

#' Constructor for objects of type 'psr3500Spec'
#'
#' @title psr3500Spec class definition
#' @aliases psr3500Spec
#' @param file Character. Filename of a valid .sed file. Mandatory
#' @param datatype Character. Type of spectral data to add to object. Possible 
#' values are: RadRef/RadTarget/Reflect. Mandatory
#' @return psr3500Spec object, inheriting from 'hyperSpec' object
#' @export
psr3500Spec <- setClass("psr3500Spec", representation(datatype = "character"), 
    contains = "hyperSpec")

#' Initialize method for objects of type 'psr3500Spec'
#'
#' @keywords internal
setMethod("initialize", "psr3500Spec", 
    function(.Object, ..., file = character(), datatype = character()) {

if(nargs() > 1) {
  if(!(file.exists(file))) 
    stop("Not a valid SED file")

  if (!(datatype %in% c("RadRef", "RadTarget", "Reflect")))
    stop("Not a valid datatype. Possible values are: RadRef/RadTarget/Reflect")

  data <- readSedData(file)
  meta <- readSedMetadata(file)
  meta$datatype <- datatype
  meta$FileName <- file

  di <- grep(datatype, names(data))
  wi <- grep("Wvl", names(data))

  .Object <- callNextMethod(.Object, data = meta, 
    spc = matrix(data[, di], nrow = 1), wavelength = data[, wi])

  switch(datatype,
    "RadRef" = {
      spclab <- paste0("Reference Radiance (", meta$Units, ")")
    },
    "RadTarget" = {
      spclab <- paste0("Target Radiance (", meta$Units, ")")
    },
    "Reflect" = {
      spclab <- "Reflectance [unitless]"
    }
  )       

  .Object@label <- list(.wavelength = paste0("Wavelength (nm)" ), 
    spc = spclab)

  return(.Object)

} else {
  .Object <- callNextMethod(.Object, ...)   
  return(.Object)
}

})

В функции sphereLeafReflectance Я получаю доступ к слоту @data объекта hyperSpec: возможно, именно это и вызывает проблему. Я не знаю, почему сообщение об ошибке указывает на то, что проблема в строке 1 этой функции, так как документация находится в этой строке:

#' Integrating sphere leaf reflectance 
#' 
#' Calculates leaf reflectance from radiance measurements made with an 
#' integrating sphere, removing the contribution from the measured stray light
#' 
#' @param Fsr psr3500Spec object. Radiance of a target (leaf) on the sample port
#' of the sphere measured in reflectance mode
#' @param Fsw psr3500Spec object. Radiance of a reference surface measured in 
...

Пакет hyperSpec находится в разделе Depends файла DESCRIPTION, и тот же пакет импортируется в NAMESPACE:

import(hyperSpec)

Любая помощь будет высоко ценится!

Answer 1

Я просто скопировал и вставил комментарий Тайлера, чтобы сделать его более очевидным: символ "@" не работает в примере кода. Это приводит к сбою roxoygen2.

Чтобы это исправить, просто удвойте @

...
#' xgb.importance(agaricus.test$data@@Dimnames[[2]], 'xgb.model.dump')

Вместо:

#' xgb.importance(agaricus.test$data@Dimnames[[2]], 'xgb.model.dump')