Пометьте и добавьте цвет к графику MDS в R
Я создал график MDS в R, используя следующий код:
library(ggplot2)
data<-read_csv("Uni/MSci/Project/DATA/new data sheets/comparisons/matrix for
MDS.csv")
matrix<-data.matrix(data[2:25])
d <- dist(t(matrix))
c<-cmdscale(d, eig=TRUE,k=2)
x <- c$points[,1]
y <- c$points[,2]
mds<-plot(x, y, xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", main="MDS")
text(x, y,labels = names(x))
Я хочу, чтобы точки данных из первых 12 столбцов отличались по цвету от последних 12 столбцов (первый столбец не включен), есть ли способ сделать это?
Пример моего dataframe выглядит следующим образом:
All DE probes GAc GAs GAt GAcAt
GAsAc
GENE:JGI_V11_1000360103 1.374700022 1.334393131 1.001545297 1.201249615
1.37799781
GENE:JGI_V11_1000360203 1.123109605 1.488452974 1.115555715 1.335694066
1.410720257
GENE:JGI_V11_1000360303 0.957649492 1.266468558 1.146132718 1.009817126
1.287685907
GENE:JGI_V11_1000440101 0.97539842 0.95643555 0.913679292 1.005319047
0.9977714
Фрейм данных, однако, имеет 25 столбцов (первые из которых являются генными метками) и 61 005 строк - я только что показал крошечный фрагмент, чтобы не создавать страницы сценария.