Цитирование ссылок в файле rmd и ошибка в файле pandoc-citeproc.exe

Question

Это мой первый раз, когда я хочу использовать цитаты в моем файле RMD, и я не знаю, как я могу сделать это точно. Я преобразовал свой файл rmd в документ pdf, но у меня возникли проблемы с созданием ссылок и библиографий. Я получаю эту ошибку при вязании:

pandoc-citeproc.exe: не удалось найти bibliography.bib pandoc.exe: ошибка при запуске фильтра. pandoc-citeproc фильтр вернул состояние ошибки 1 Ошибка: преобразование документа pandoc завершилось ошибкой 83

Это мой контекст yaml:

>     title: "Context"
>     author: "Minoo"
>     date: "2017/06/06"
>     output: 
>       pdf_document:
>         toc: true
>         toc_depth: 3
>     bibliography: bibliography.bib
>     vignette: >
>       %\VignetteIndexEntry{Context}
>       %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
>       %\VignetteEncoding{UTF-8}

и я перечислил мои цитаты как это в последней части моего файла RMD:

@article{@Csardi2006, Csardi G, Nepusz T: The igraph software package for complex network research, InterJournal, Complex Systems 1695. 2006. http://igraph.org}
@article{@Butts2015, Butts C (2015). network: Classes for Relational Data. The Statnet Project (http://statnet.org). R package version 1.13.0, http://CRAN.R-project.org/package=network.}
@article{@Butts2008, Butts C (2008). “network: a Package for Managing Relational Data in R.” Journal of Statistical Software, 24(2). http://www.jstatsoft.org/v24/i02/paper.}

Я либо цитирую их в своих контекстах как [@Csardi2006]. Есть идеи, чтобы решить эту проблему? Более конкретно, как я могу привести в файл rmd?

Answer 1

Возможно, вам нужно либо поместить файл bibliography.bib в ваш рабочий каталог, либо перечислить вашу библиографию в голову, например, для библиографии:

Напишите файл bibliography.bib вручную в редакторе или с помощью такой программы, как JabRef. Есть также способы автоматической генерации, например, с помощью Zotero:

% Encoding: UTF-8
    @article{csardi2006,
      author  = {G, Csardi and T, Nepusz},
      title   = {The igraph software package for complex network research},
      journal = {InterJournal, Complex Systems},
      year    = {2006},
      url     = {http://igraph.org},
    }
    @article{...}
    @article{...}

Сохраните его в свой рабочий каталог как "bibliography.bib".

Метаданные YAML с библиографией:

---
title: "Context"
author: "Minoo"
date: "June 13, 2017"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
bibliography: bibliography.bib
---

Или метаданные YAML с включением ссылок, например, для быстрых работ:

---
title: "Context"
author: "Minoo"
date: "June 13, 2017"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
references:
- id: csardi2006
  author:
  - family: Csardi
    given: G.
  - family: Nepusz
    given: T.
  publisher: InterJournal, Complex Systems
  title: The igraph software package for complex network research
  type: article-journal
  issued:
    year: 2006
---

Текстовый раздел RMD:

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Text

Lorem ipsum dolor sit amet [@csardi2006], consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam

## Biblio