forestplot: я хочу изменить существующий fpDrawNormalCI в соответствии с предложением пакета

Question

Пример мотивации - мне нужно сделать лесной участок с заполненными и незаполненными кружками для символов.

forestplot(labeltext = labelstrings,
       fn.ci_norm = c(fpDrawCircleCI, fpDrawPointCI),
       mean=cbind(df.both$mauc, df.both$mcmax), 
       lower=cbind(df.both$lauc, df.both$lcmax),
       upper=cbind(df.both$uauc, df.both$ucmax),
       xlog=TRUE,
       boxsize=0.4,
       pch=1,
       xticks = c(0.33,0.5,0.8,1,1.25,2,3),
       col=fpColors(box=c("black","black"),line=c("black","black")),
       txt_gp = fpTxtGp(xlab=gpar(cex=1),ticks=gpar(cex=0.8)))`

но символы немного отличаются по размеру (fpDrawPointCI меньше, чем fpDrawCircleCI). Если я попробую fpDrawPointCI, я не смогу получить вектор значений pch для принятия.

Я старался

fn.ci_norm = c(fpDrawPointCI(pch=1), fpDrawPointCI(pch=19)

но это не сработало.

Поэтому я попытался создать это в своем скрипте после загрузки библиотеки (forestplot), но перед моей командой forestplot.

fpDrawPointCIfilled <- function (lower_limit, estimate, upper_limit, size,
    y.offset = 0.5, clr.line, clr.marker, lwd, lty = 1, vertices, 
    vertices.height = 0.1, pch = 16, ...) 
{
    prFpDrawLine(lower_limit = lower_limit, upper_limit = upper_limit, 
        clr.line = clr.line, lwd = lwd, lty = lty, y.offset = y.offset, 
        vertices = vertices, vertices.height = vertices.height)
    box <- convertX(unit(estimate, "native"), "npc", valueOnly = TRUE)
    if (box >= 0 && box <= 1) {
        if (!is.unit(size)) {
        size <- unit(size, "snpc")
    }
    grid.points(x = unit(estimate, "native"), y = unit(y.offset, 
        "npc"), size = size, pch = pch, gp = gpar(fill = clr.marker, 
        col = clr.marker))
}}

Он возвращает сообщение об ошибке "Ошибка в fpDrawPointCIfilled(): не удалось найти функцию prFpDrawLine". Может ли кто-нибудь опубликовать пример того, как они изменили функции fpDrawNormalCI в лесном участке?

Спасибо Крис

Answer 1

Попробуйте использовать свой исходный чистый код и добавьте это:

meta.ci.pch = 21

(или любой другой код), чтобы установить размер и форму для стиля точек. ты можешь использовать ?points чтобы увидеть все стили прорисовки персонажей. Вы можете установить полный список стилей в объединенном списке, который будет равным количеству графиков. Просто объединить:

meta.ci.pch = c(19, 3, 9)

Вы получите разные символы для каждого.

И я думаю, что вы можете изменить размер кругов с:

circles.cex = 1.1   or   circles.cex = .8

или любое другое число, указывающее 110% от размера по умолчанию или 80% от размера по умолчанию. Но первое должно позволить вам использовать пустотелые и заполненные формы.

Answer 2

Устранение конкретной проблемы, с которой вы столкнулись, заключается в том, что функция prFpDrawLine не экспортируется из библиотеки лесных участков; это внутренняя функция. Стандартное предупреждение заключается в том, что функции, которые не были экспортированы, могут изменяться без предупреждения в будущих версиях библиотеки. Это сказал...

Если вы замените prFpDrawLine с forestplot:::prFpDrawLineтройное двоеточие будет искать в библиотеке объекты, которые можно или нельзя экспортировать. В этом случае он найдет неэкспортированную функцию prFpDrawLineи твой код должен работать.

Билл