R Venn Diagram package Достопримечательности недоступны - альтернативный пакет?
Мне нужно построить пропорциональные диаграммы Венна с минимум 5 переменными.
Я пытался установить Vennerable, но его больше не было. Ссылка на сборку Windows не работает (страница не найдена).
Есть ли альтернативный пакет?
5 ответов
Исходные файлы, последний раз обновленные в 2007 году, можно загрузить из Sourceforge в виде файла tar.gz:
А еще лучше то, что кажется более обновленными (Edit: и неработающими) исходными файлами, последний раз обновленными в 2009 году, можно извлечь из R-Forge с помощью SVN:
svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/vennerable
Можете ли вы сделать это самостоятельно с помощью Rtools? Журнал сборки Linux x86_64 указывает на проблему с виньеткой, которая приводит к сбою сборки, а исходные файлы tar.gz и двоичные файлы недоступны. Возможно, построение самостоятельно без виньетки сработает. Последний раз пакет обновлялся 19 месяцев назад, поэтому в настоящее время он не поддерживается.
редактировать
Похоже, самые последние изменения от R-Forge ломают пакет. Существует проблема с compute.Venn() функция и ряд тестов не пройдены. Я собрал ревизию Venerable_1.1.1.1 из Sourceforge для вас для архитектуры x86_64. Вы можете скачать его по адресу:
http://commondatastorage.googleapis.com/jthetzel-public/Vennerable_1.1.1.1.zip
Я на самом деле не тестировал пакет, но он успешно устанавливается и загружается в R 2.13.0 x86_64 в Windows 7. Если у вас есть дополнительные вопросы, вы можете отправить электронное письмо автору пакета Джонатану Свинтону, чей электронный адрес вы найдете в DESCRIPTION файл в архиве zip.
Обратите внимание на редкое правильное использование всех заглавных букв для обозначения DESCRIPTION файл, который был назван так по предположительным историческим причинам (хотя мне было бы интересно, если у кого-то есть окончательное объяснение). Большинство других применений всех заглавных букв, как правило, не одобряются, если только вы специально не намерены поднять систолическое давление сообщества SO.
Следить за этим:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("graph")
biocLite("RBGL")
biocLite("RColorBrewer")
biocLite("gtools")
biocLite("reshape"
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
Взгляд на CRAN (место для пакетов R) выявил как минимум два многообещающих пакета: VennDiagram и venneuler.
Доступна версия Vennerable 3.0. Это может быть загружено, например, изнутри R
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
Тщательный осмотр приводит к тому, что этот механизм биоинформатики обладает более высокой производительностью, чем доступные пакеты R для диаграмм Венна. Он написан на Perl бельгийским автором Ливеном Стерком (lieven.sterck@psb.vib-ugent.be) из Гентского университета.
Веб- инструмент генерирует в качестве выходных данных не только запрошенную диаграмму (при условии, что входные данные состоят из 5 или менее наборов, уже превосходящих возможности большинства пакетов R, доступных для диаграмм Венна), но также создает текстовый файл со списком элементов, содержащихся в каждой группе пересечений, для детальной проверки., Списки, хотя и не являются геометрическими диаграммами как таковые, могут быть созданы даже для сравнений, превышающих 5 наборов. Кроме того, этот веб-инструмент также выводит общее количество элементов в наборе данных в виде таблицы для подтверждения уникальных записей.
Единственная отсутствующая функция: взвешенная опция, эквивалентная "Chow-Ruskey" в пакете Vennerable R, которая, однако, похоже, страдает от некоторых проблем (помимо нестабильной установки, как упомянуто выше), добавляя дополнительный элемент в последний список групп, представленный в кадр данных для перекрытия. Vennerable (и другие пакеты того же рода) генерирует только фигуру с групповыми метками и нумерует элементы, содержащиеся на пересечении, но не перечисляет их. Диаграммы Венна и данные пересечений в целом, хотя и просты в принципе, очень полезны для иллюстрации охвата биологических данных "мультиомика", просто для того, чтобы привести их в качестве примера.