Самозагрузка в R. Используя Nagelkerke R-Squared

Question

Я новичок в R. Я пытаюсь использовать функцию boot() в R, используя R-квадрат Nagelkerke в качестве статистического. Я знаю, что мне нужна функция, которая измеряет R-квадрат Nagelkerke по оригинальной выборке. Тем не менее, я понятия не имею, что я должен поставить в качестве статистической функции.

Я знаю, что R-квадрат Nagelkerke можно вычислить, используя deviance и Null.deviance с учетом регрессии Logit. Я пишу в функцию для вычисления Nagelkerke R-квадрат.

  NagR2 <- function(Objects){

  n <- nrow(Objects)

  reg <- glm(form,
                    family = binomial("logit"), data = datainput)

  mo <- stepAIC(regression,direction = c("backward"), trace = FALSE)


  R2cox <-  1- exp((mo$deviance - mo$null.deviance)/n)
  R2nag <-  R2cox/(1-exp((-mo$null.deviance)/n))
  R2nag
  }

Как мне изменить мою функцию NagR2, чтобы я мог использовать ее в качестве статистики в функции Boot()?

Answer 1

Вам нужно изменить функцию, чтобы принять входной data.frame в качестве первого аргумента и индексы data.frame в качестве второго, и другие аргументы, поэтому немного измените существующую функцию:

NagR2 <- function(datainput,ind,form){

  n <- nrow(datainput[ind,])
  reg <- glm(form,family = binomial("logit"), data = datainput[ind,])
  mo <- stepAIC(reg,direction = c("backward"), trace = FALSE)
  
  R2cox <-  1- exp((mo$deviance - mo$null.deviance)/n)
  R2nag <-  R2cox/(1-exp((-mo$null.deviance)/n))
  R2nag
  }

И применив к набору тестовых данных:

library(MASS)
library(boot)

dat = iris
dat$Species=factor(ifelse(dat$Species=="versicolor","v","o"))

bo = boot(dat,statistic=NagR2,R=100,form = as.formula(Species ~ .))

ORDINARY NONPARAMETRIC BOOTSTRAP


Call:
boot(data = dat, statistic = NagR2, R = 100, form = as.formula(Species ~ 
    .))


Bootstrap Statistics :
     original     bias    std. error
t1* 0.3650395 0.01470299   0.0720022