Распространение динамики с помощью структуры сообщества

Question

У меня есть набор данных, который я надеюсь смоделировать динамику распространения со структурой сообщества. Шаги, за которыми я следую

1. импортировать данные в сложную сеть с помощью Networkx
2. разделить сеть на несколько модулей, которые известны как сообщества
3. смоделируйте модель SIS и начертите графики с сообществами и без них.

Что-то смутило меня между этапом 2 и этапом 3. После разбиения я получаю несколько сообществ, в которых содержится номер узла. Номера сообщества и номера узлов являются единственным входом для шага 3, и как мне моделировать SIS с сообществами и без них?

Answer 1

Я отвечаю на ваш последний вопрос в комментариях к вашему оригинальному сообщению. Это соответствует 2 различным задачам: 1) искусственное создание некоторых сетей (с или без структуры сообщества) и 2) применение SIS.

В Networkx есть много генеративных моделей, перечисленных на этой странице. Однако я не вижу никакой модели для создания сетей, структурированных сообществом. Вы можете использовать программу C++ от Lancichinetti, которая реализует очень распространенную модель.

Что касается применения SIS, вы можете рассмотреть Netpidemix, который использует Networkx для сетевой части процесса. Кроме того, библиотека igraph также содержит генеративные модели и модели, связанные с эпидемиями (такие как SIR)