Как использовать сжатие для уменьшения размерности данных

Question

У меня есть некоторые данные о функциях, в каждой выборке от тысячи до десятков тысяч функций. Моя цель состоит в том, чтобы уменьшить данные 100*4000 до 100 * 40 или 100*400, первое - это количество выборок, а второе - количество функций. Есть ли хорошие методы или программы? Питон лучше!