Сохранить вывод цикла foreach в пакете R NMF
Я прошу прощения, потому что я знаю, что этот вопрос задавался ранее, но я попробовал большинство вариантов ответа, не помогая.
Я использую пакет foreach для запуска цикла алгоритма NMF для набора данных. Я пытаюсь извлечь набор базовых имен с помощью функции ExtractFeatures, которая выводит каждый прогон в виде списка того, сколько рангов вы определяете (в моем примере 3).
Вот мой код ниже (я использовал образец набора данных из виньетки NMF):
library("NMF")
library("doParallel")
library("foreach")
#load vignette dataset and shorten it for time's sake
data(esGolub)
esGolub <- esGolub[1:200,]
#output matrix
Extract_Genes <- matrix()
#set cores
registerDoParallel(cores = 3)
#Loop NMF runs and extract features
foreach(i =1:4, .packages = "NMF") %dopar%{
i <- nmf(esGolub, 3, nrun = 1)
Extract_Genes <- extractFeatures(i, format = "list")
}
Это выводит список извлеченных генов следующим образом:
[[1]]
[[1]][[1]]
[1] 43 120 128 130
[[1]][[2]]
[1] 94 1 112 42 8 64 96 182 59 41 69 25 26
[[1]][[3]]
[1] 39 74 2 91 190 167 103 129 174
3 раза за 3 прогона, но это не экономит. Есть ли у кого-нибудь предложения о том, как сохранить эти результаты?
Заранее спасибо, J
1 ответ
Решение
Комментарий от Imo работает отлично:
myList <- foreach(i =1:4, .packages = "NMF") %dopar%{