Как проверить data.frame для любого неконечного

Question

Как проверить data.frame для любого неконечного

Я хотел бы проверить, есть ли в data.frame какие-либо неконечные элементы.

Кажется, это оценивает каждый столбец, возвращая FALSE для каждого (я предполагаю, что он оценивает data.frame как список):

any( !is.finite( x ) )

Я не понимаю, почему это ведет себя не так, как описано выше, но работает нормально, если просто проверять NA:

any( !is.na( x ) )

Я бы хотел, чтобы решение было максимально эффективным. Я понимаю, что могу просто сделать...

any( !is.finite( as.matrix( x ) ) )

15

r

Источник

user356790 17 ноя '11 в 19:29

4 ответа

Решение

Я предполагаю, что вы получаете следующую ошибку:

> any( is.infinite( z ) )
Error in is.infinite(z) : default method not implemented for type 'list'

Эта ошибка связана с тем, что is.infinite() и is.finite() функции не реализованы с методом для data.frames. is.na() Функция имеет метод data.frame.

Способ обойти это apply() функция для каждой строки, столбца или элемента в data.frame. Вот пример использования sapply() применить is.infinite() функция для каждого элемента:

x <- c(1:10, NA)
y <- c(1:11)
z <- data.frame(x,y)
any( sapply(z, is.infinite) )
 ## or

any( ! sapply(z, is.finite) )

7

Источник

user37751 17 ноя '11 в 19:53

Ваше решение о звонке as.matrix будет работать только если data.frame имеет только числовые столбцы. В противном случае матрица, как правило, станет символьной матрицей, и результат будет ложным везде...

У @joran хороший подход, но у вас будут проблемы со столбцами факторов, если только вы не добавите метод для факторов и т. д.

is.finite(letters[1:3])         # FALSE - OK
is.finite(factor(letters[1:3])) # TRUE - WRONG!!

is.finite.factor <- function(obj){
    logical(length(obj))
}

is.finite(factor(letters[1:3])) # FALSE - OK

Кроме того, если вы хотите, чтобы проверка была максимально быстрой, вам следует избегать sapply и пойти на vapply вместо.

d <- data.frame(matrix(runif(1e6), nrow=10), letters[1:10])

# @joran's method
is.finite.data.frame <- function(obj){
    sapply(obj,FUN = function(x) all(is.finite(x)))
}

system.time( x <- is.finite(d) ) # 0.42 secs

# Using vapply instead...
is.finite.data.frame <- function(obj) {
    vapply(obj,FUN = function(x) all(is.finite(x)), logical(1))
}

system.time( y <- is.finite(d) ) # 0.20 secs

identical(x,y) # TRUE

4

Источник

user662787 17 ноя '11 в 20:00

Одно отличие состоит в том, что is.na а также is.finite это разные типы функций. is.na является универсальным и будет отправлять в зависимости от класса аргумента.

> methods("is.na")
[1] is.na.data.frame      is.na.numeric_version is.na.POSIXlt        
[4] is.na.raster*        

   Non-visible functions are asterisked

Обратите внимание, в частности, что есть is.na.data.frame функция. Глядя на эту функцию:

> is.na.data.frame
function (x) 
{
    y <- do.call("cbind", lapply(x, "is.na"))
    if (.row_names_info(x) > 0L) 
        rownames(y) <- row.names(x)
    y
}
<bytecode: 00000000054F40F0>
<environment: namespace:base>

часть, которая делает работу, является do.call("cbind", lapply(x, "is.na")) вызов, который соединяет столбцы (cbind) которые являются результатом lapply(x, "is.na"), Выполнение только этого на примере data.frame (mtcars):

> lapply(mtcars, "is.na")
$mpg
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$cyl
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$disp
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$hp
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$drat
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$wt
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$qsec
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$vs
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$am
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$gear
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

$carb
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[25] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

мы видим, что на самом деле это просто вычисления по столбцам, собранные обратно в data.frame.

Сравните это с is.finite который не имеет определенной функции для data.frames:

> methods("is.finite")
no methods were found

Фактически, это примитивный метод, то есть детали в коде C, а не в коде R.

> is.finite
function (x)  .Primitive("is.finite")

Если вы хотите сделать вычисление по столбцам с is.finiteВы можете обернуть это как is.na.data.frame делает.

> do.call(cbind, lapply(mtcars, is.finite))
       mpg  cyl disp   hp drat   wt qsec   vs   am gear carb
 [1,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
 [2,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
 [3,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
 [4,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
 [5,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
 [6,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
 [7,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
 [8,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
 [9,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[10,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[11,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[12,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[13,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[14,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[15,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[16,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[17,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[18,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[19,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[20,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[21,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[22,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[23,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[24,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[25,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[26,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[27,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[28,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[29,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[30,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[31,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[32,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE

Этот последний также может быть получен как

sapply(mtcars, is.finite)

Никаких испытаний на то, что было бы наиболее эффективным, однако.

3

Источник

user892313 17 ноя '11 в 19:57

Другие вопросы по тегам r

user324364 17 ноя '11 в 19:46 2011-11-17 19:46 · Accepted Answer · 2011-11-17 19:46

Если вы печатаете methods(is.na) вы увидите, что у него есть data.frame метод, который, вероятно, объясняет, почему он работает так, как вы ожидаете, где is.finite не. Обычным решением будет написать самому, так как это только одна строка. Может быть, как-то так,

is.finite.data.frame <- function(obj){
    sapply(obj,FUN = function(x) all(is.finite(x)))
}