Для цикла для разных наборов данных и условий для EEGLAB

Question

Мне нужно проанализировать некоторые данные ЭЭГ, и я пытаюсь автоматизировать процедуру предварительной обработки.

У меня 40 участников. У каждого участника есть 4 разных файла для 4 условий.

Таким образом, файлы сохраняются как

1-1  
1-2  
1-3  
1-4  
2-1  
2-2  
2-3  
2-4  
...  

до 40-4

Файлы взяты из BioSemi (.bdf)

Мне удалось автоматизировать процедуру предварительной обработки, но каждый раз мне приходится выбирать другой файл, запускать сценарий и сохранять его.

Я хотел бы запустить цикл for, который делает все сам (взять 1-1, выполнить предварительную обработку, сохранить, взять 1-2... и т. Д.).

После я вставляю то, что у меня есть.

Я весь день пытался написать цикл for, но он просто не работает.

Я был бы очень признателен за любую помощь.

Это текущий сценарий предварительной обработки:

---

subject = '1-1.bdf'  

%Open EEGLAB and inizialize several EEGLAB variables (listed in the output
%function  
[ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab;  

%Load a file  
%EEG=pop_loadset;  % pop up window to input arguments  

EEG = pop_biosig(subject)  %Reads in the dataset frin a BIOSEMI file  

% Stores the dataset into EEGLAB  
[ALLEEG EEG CURRENTSET ] = eeg_store(ALLEEG, EEG);  

%Change sampling rate to 512  
EEG = eeg_checkset( EEG );    
EEG = pop_resample( EEG, 512);    
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, CURRENTSET); %save it as a new dataset  

% Edit Channel Location  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG=pop_chanedit(EEG, 'lookup','D:\\Matlab\\eeglab_current\\eeglab13_5_4b\\plugins\\dipfit2.3\\standard_BESA\\standard-10-5-cap385.elp');  
% Store the dataset into EEGLAB  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

% Add some comments  
EEG.comments = pop_comments(EEG.comments,'','Sampling rate was changed to 512.',1);  
% You can see the comments stored with the dataset either by typing >> EEG.comments or selecting the menu option Edit->About this dataset.  

%Select Data. Remove EXG5:EXG8   
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_select( EEG,'nochannel',{'EXG5' 'EXG6' 'EXG7' 'EXG8'});  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  


%HighPassFilter 0.5  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_eegfilt( EEG, 0.5, 0, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

%LowPassFilter 50  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_eegfilt( EEG, 0, 50, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  


%ReReference to 35 36 (EXG3. EXG4)  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_reref( EEG, [35 36] );  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');   

% Reject Continuous By Eye  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
pop_eegplot( EEG, 1, 0, 1);  

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes  

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%Automatic Channel Rejection  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_rejchan(EEG, 'elec',[1:34]   ,'threshold',5,'norm','on','measure','prob');  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes 

Answer 1

Вот как вы можете получить доступ к именам файлов в цикле, чтобы вы могли запустить свой скрипт MATLAB. Самое простое, что нужно сделать - это поместить ваши файлы.bdf в отдельную папку. Затем напишите функцию, которая упаковывает нужные вам функции, например так:

function run_script_with_loop(pathname)

file_struct_list = dir([pathname filesep() '*.bdf']);  %% get list of .bdf files in the pathname specified

filename_list = {file_struct_list.name};  %% extract the filenames into a cellarray
for subject = filename_list  %% this iterates over the elements of the cell array, one-by-one, setting the `filename` variable like a loop variable
    [ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab;  
    full_pathname = [pathname filesep() subject{1}];
    EEG = pop_biosig(full_pathname);  %% perform your processing
    ...
end

Несколько комментариев:

• Я пытаюсь быть независимым от платформы с использованием filesep() так что это должно работать на Linux / Mac / Windows. Если вы запускаете код в том же каталоге, что и файлы данных, вы, безусловно, можете упростить это

• Убедитесь, что вы используете фигурные скобки {} когда разыменование subject, Если вы используете стандартную ссылку на массив Matlab с subject(1), тогда вы получите массив ячеек, содержащий строку имени файла, а не просто строку имени файла

• dir() Команда в MATLAB работает так же, как dir в окнах или ls в Linux, и вы можете использовать подстановочные знаки для получения настраиваемых списков файлов, таких как dir('1-*.bdf') чтобы получить только список файлов данных субъекта 1