Создание исполняемого файла JAR из проекта Maven Netbeans с зависимостями

Question

Я пытаюсь создать исполняемый файл JAR в моем проекте Netbeans Maven. Мой проект использует Gephi, API анализа социальных сетей с открытым исходным кодом (SNA), и имеет зависимости от Gephi.

Мне удалось создать тестовую программу "hello world", и я смог создать исполняемый файл JAR из этого проекта. У него не было никаких зависимостей, но это показывает, что я на правильном пути.

Когда я использую тот же метод в своем проекте Gephi, я получаю сообщение об ошибке при попытке запустить созданные файлы JAR. Мой проект Gephi читает в файле.gdf (графическом файле), который, как мне кажется, вызывает ошибку. Я не думаю, что файл JAR знает, чтобы прочитать в файле, который ожидается в проекте. Не совсем уверен, что это проблема.

Это моя ошибка:

java.lang.IllegalArgumentException: URI is not hierarchical
    at java.io.File.<init>(File.java:418)
    at org.gephi.toolkit.demos.YifanHuHeadless.script(YifanHuHeadless.java:89)
    at org.gephi.toolkit.demos.Main.main(Main.java:34)
java.lang.IllegalArgumentException: URI is not hierarchical
    at java.io.File.<init>(File.java:418)
    at org.gephi.toolkit.demos.ForceAtlasHeadless.script(ForceAtlasHeadless.java:89)
    at org.gephi.toolkit.demos.Main.main(Main.java:37)

Это мой файл POM:

    <groupId>org.gephi</groupId>
    <artifactId>toolkit-demos</artifactId>
    <version>0.9.2</version>
    <packaging>jar</packaging>

    <properties>
        <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
    </properties>

    <repositories>
        <repository>
            <id>netbeans</id>
            <name>NetBeans</name>
            <url>http://bits.netbeans.org/maven2/</url>
        </repository>
        <repository>
            <id>oss-sonatype</id>
            <name>oss-sonatype</name>
            <url>https://oss.sonatype.org/content/repositories/snapshots/</url>
            <snapshots>
                <enabled>true</enabled>
            </snapshots>
        </repository>
    </repositories>

    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>org.gephi</groupId>
            <artifactId>gephi-toolkit</artifactId>
            <version>${project.version}</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>${project.groupId}</groupId>
            <artifactId>io-processor-plugin</artifactId>
            <version>${project.version}</version> 
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>${project.groupId}</groupId>
            <artifactId>io-importer-api</artifactId>
            <version>${project.version}</version>
        </dependency>
    </dependencies>


    <build>
        <plugins>
        <plugin>
        <!-- Build an executable JAR -->
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
            <version>3.0.2</version>
            <configuration>
              <archive>
                <manifest>
                  <addClasspath>true</addClasspath>
                  <classpathPrefix>lib/</classpathPrefix>
                  <mainClass>org.gephi.toolkit.demos.Main</mainClass>
                </manifest>
              </archive>
            </configuration>
         </plugin>

      <plugin>
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>maven-shade-plugin</artifactId>
        <version>1.6</version>
        <executions>
          <execution>
            <phase>package</phase>
            <goals>
              <goal>shade</goal>
            </goals>
          </execution>
        </executions>
      </plugin>
    </plugins>
  </build>

</project>