Как установить определенный уровень контрастности с помощью lmer в lme4
У меня есть смешанная модель, содержащая переменную отклика (соответственно), два фиксированных эффекта (fix1 и fix2) и случайный фактор (ran1). Особенно:
- fix1 имеет 2 уровня (контроль и лечение);
- fix2 имеет 7 уровней (от 1 до 7, указывающих время в категориальном смысле);
- Ран1 имеет 6 уровней (графики были спарены, а пара используется в качестве случайной величины).
Примером типа данных, которые я использую, является
library("tidyr")
library("dplyr")
set.seed(123)
DF <- data.frame(resp = rnorm(84, -2, 1),
fix1 = c(rep("C",42),rep("Trt",42)),
fix2 = c(rep("1",6),rep("2",6),rep("3",6),rep("4",6),rep("5",6),rep("6",6),rep("7",6),
rep("1",6),rep("2",6),rep("3",6),rep("4",6),rep("5",6),rep("6",6),rep("7",6)),
ran1 = c(rep(1:6,14)))
DF
Из приведенного выше примера видно, что:
- экспериментальный дизайн полностью факториален (fix1 * fix2);
- Все участки были отобраны в каждом случае (7 уровней Fix2).
В смешанной модели, содержащей взаимодействие между fix1 и fix2,
LME <- lmer(resp ~ fix1 * fix2 + (1 | ran1), DF)
Я хотел бы сравнить (для fix2):
- среднее из уровней 1 и 2 против среднего из уровней 3, 4 и 5;
- среднее по уровням 3, 4 и 5 против среднего по уровням 6 и 7;
- среднее по уровням 1 и 2 против среднего по уровням 6 и 7.
Мои вопросы:
- Как мне установить контрасты (в lmer) таким образом, чтобы я мог сравнить три "новых" уровня, составленных из средних значений, указанных выше?
- как интерпретировать взаимодействие между fix1 и новыми указанными уровнями?