python3, как обрабатывать матрицу в файле TSV

Мои исходные данные находятся в файле TSV, это матрица 20X20 ( http://www.bio.davidson.edu/genomics/2008/Simpson/BLOSUM62.png)

Вот что я пытаюсь сделать:

Мне нужно прочитать матрицу в этом исходном файле, а затем я должен сделать функцию (называемую расстоянием), которая вычисляет пересечение между двумя индексами. Например, если у меня есть [A][D], функция возвращает значение пересечения между этими двумя буквами. Это код, который я пробовал:

Blosum62 = open('BLOSUM62.tsv','r')
print(Blosum62)

def distance(x,y):
    a = Blosum62.index(x)
    b = Blosum62.index(y)
    dist = Blosum62Matrix[a][b]

    return dist

но это не работает, я думаю, что проблема в том, как я открывал / печатал свой файл, и в функции... спасибо за помощь!

0 ответов

Другие вопросы по тегам