python3, как обрабатывать матрицу в файле TSV
Мои исходные данные находятся в файле TSV, это матрица 20X20 ( http://www.bio.davidson.edu/genomics/2008/Simpson/BLOSUM62.png)
Вот что я пытаюсь сделать:
Мне нужно прочитать матрицу в этом исходном файле, а затем я должен сделать функцию (называемую расстоянием), которая вычисляет пересечение между двумя индексами. Например, если у меня есть [A][D], функция возвращает значение пересечения между этими двумя буквами. Это код, который я пробовал:
Blosum62 = open('BLOSUM62.tsv','r')
print(Blosum62)
def distance(x,y):
a = Blosum62.index(x)
b = Blosum62.index(y)
dist = Blosum62Matrix[a][b]
return dist
но это не работает, я думаю, что проблема в том, как я открывал / печатал свой файл, и в функции... спасибо за помощь!