Изменение единиц измерения в файлах мода для NEURON

Question

Как изменить единицы измерения в файле мода, чтобы после запуска neuoConstract единицы будут сохранены?

units:  0.001 sec
units:  1
The units of the previous two expressions are not conformable
 at line 75 in file C:/Users/miria/Desktop/neuro/neuroConstruct_1.7.2/nCexamples/Ex4_HHcell/generatedNEURON/CurrentClampExt.mod
            beginNextCycle = beginNextCycle + (del + dur)<<ERROR>>

Я пытался изменить с помощью Notepad++, но изменения не могут быть сохранены в следующий раз.

Answer 1

Ошибка, которую вы получаете здесь, является результатом несоответствия единиц между RHS и LHS уравнения:

beginNextCycle = beginNextCycle + (del + dur)

в CurrentClampExt.mod файл. beginNextCycle, del а также dur должны иметь одинаковые единицы, например, миллисекунды.

Для редактирования CurrentClampExt.mod файл, вы можете использовать Notepad++ или любой другой текстовый редактор. Константы / переменные для уравнения объявляются наиболее вероятно в блоке ASSIGNED или PARAMETER файла мода. Убедитесь, что эти переменные следуют за единицей. Например:

ASSIGNED {
          dur (ms)
          del (ms)
}

где (мс) относится к миллисекунде.

Вы можете проверить единицы файлов модов, используя функцию "modlunit" в симуляторе NEURON. Смотрите здесь для получения более подробной информации: https://www.neuron.yale.edu/neuron/static/docs/nmodl/mswin.html

Как только вы закончите с коррекцией модуля, скомпилируйте файл (ы) мода, используя nrnivmodl (как показано в приведенной выше ссылке). Если ошибок нет, попробуйте запустить код, используя neuroConstruct,